Die Serie Sanctuary handelt von der 150-jährigen Dr. Helen Magnus, der man ihr Alter jedoch nicht ansieht und Nikola Tesla, James Watson und Jack The Ripper. Als "Wächter der Kreaturen" haben es sich zur Aufgabe gemacht, den "abnormen" Kreaturen und Geschöpfen, Unterschlupf zu bieten und Bevölkerung vor Ihnen zu beschützen, die über die Erde wandeln – wahlweise aber auch die Kreaturen vor der Bevölkerung. Je nachdem.

Zu Beginn der zweiten Staffel trifft Dr. Helen Magnus auf ihren alten Freund Jimmy, der dabei hilft, einen speziellen Abnormalen zurück zur Zentrale zu bringen. Doch die wertvolle Ware weckt die Aufmerksamkeit einer gefährlichen Horde. Gleichzeitig versucht sie einer geheimnisvollen Verbindung zum Kult von Kali nachzugehen. Dessen Anhänger können angeblich zukünftige Katastrophen vorhersagen. Die Verbindung hat vor die Mächtigsten der Abnormalen auf der Erde zusammenzusetzen für einen finalen Schlag gegen das Gute. Zusätzlich versucht man ihr einen entsetzlichen Mord anzuhängen. Als die Beweise immer erdrückender werden, fällt es schwer, entlastende Argumente und Indizien zu finden, die ihre Unschuld beweisen.

Anknüpfend an das Ende der zweiten Staffel setzt das „Sanctuary“-Team im ersten Teil der dritten Staffel immer noch alles daran, Kali in Form der zerstörerischen Spinnenkreatur „Big Bertha“ zu bezwingen. Doch bei dem Versuch sie zu stoppen, bringt sich Will selbst in Lebensgefahr. Aber damit nicht genug: Dr. Magnus und ihre Kollegen bekommen es mit einem weiteren Gegenspieler zu tun. Ein alter Studienbekannter namens Adam Worth schmiedet Rachepläne gegen Dr. Magnus und lockt sie in eine Falle. Dabei wird Helen – aber auch Adam selbst – tödlich vergiftet. Um sie zu retten, machen sich die anderen auf die Suche nach dem Heilmittel, welches sich in der geheimnisvollen unterirdischen Stadt „Hohlerde“ befindet. Ein Wettlauf mit der Zeit beginnt...

Die Sanctuary-Mission ist scheinbar gescheitert. Die Abnormalen aus der Hohlwelt steigen hinauf in die menschliche Welt und ein Krieg zwischen Menschen und Kreaturen scheint nur noch eine Frage der Zeit. Das Sanctuary-Team wird zum Spielball von Regierungen, Behörden und geheimnisvollen Organisationen und die Zeit läuft ab. Können Magnus und ihr Team den Frieden zwischen der Welt der Abnormen und uns wieder herstellen?