Die Existenz drei voneinander getrennten Welten: Die Welt, welche von Monstern bewohnt ist, dann gibt es die Welt der Halbmenschen und schließlich die Welt der Menschen. Laut einer Sage wird behauptet, dass der Chojin diese drei Welten zu einer einzigen verschmelzen kann. Wer ist dieser Chojin? Ist er der erhoffte Erlöser? Aber weit gefehlt, wie es sich bald herausstellt, denn er ist es nicht. Denn um alle drei Welten vereinen zu können, muss der Chojin die alten Welten vernichten!

Nagumo hatte im ersten Teil der Saga Niki besiegt und dank der Hilfe seiner Freundin Akemi die Kontrolle über sich und seinen Körper wiedererlangt. Es läuft alles normal und er wartet mit Akemi am Flughafen auf die Ankunft seines Cousins Takeaki. Aber das Flugzeug stürzt ab und nur Takeaki überlebt das Inferno. Sein Onkel und seine Tante kamen dabei auch ums Leben. Wieder taucht ein Kerl auf, der den Chojin, also Nagumo, vernichten will. Sein Name ist Münchhausen Junior und mit der Hilfe eines Dämons übernimmt er die Kontrolle über Takeaki, der Nagumo töten soll. Amanos Schwester Nagumi hat sich in Takeaki verliebt und versucht ihm zu helfen. Auf einem Wolkenkratzer kommt es dann zum Showdown zwischen Nagumo gegen Takeaki und Amano gegen Münchhausen Junior.

Es sind ca. 20 Jahre vergangen seitdem Nagumo angefangen hatte, die Welt zu vernichten. Die Apokalypse hatte begonnen. Münchhausen Junior, der sich jetzt Faust nennt, hat sich Cäsar angeschlossen, der sich das kaputte Tokio und die Macht darin an sich gerissen hat. Akemi hat inzwischen den echten Chojin zur Welt gebracht und dieser beauftragt Amano, Kyo-O zu finden, den Gegenspieler von Chojin. Cäsar ist auf der Suche nach Kyo-O, um mit ihm den Chojin zu vernichten. Denn als Cäsar in Jahren einmal versuchte den Chojin zu unterwerfen, brachte dieser seine Tochter Alector um. Buju ist ein Krieger und gehört zur Rasse der Makemonos, Cäsar hält ihn für Kyo-O und lässt ihn gefangen nehmen. Alector, die jetzt ein Cyborg ist, hilft Buju zu entkommen. In einer Kirche treiben es die beiden und entdecken dabei ein Baby, es ist die Inkarnation von Kyo-O. Cäsar ist gar nicht erfreut, dass Buju mit seiner Tochter abgehauen ist und versucht alles, um sie wiederzubekommen.

Cäsar ist vernichtet worden und nun steht dem letzten Kampf zwischen Kyo-O und Chojin nichts mehr im Weg. Die Gruppe mit Amano, Buju, D-9, Kyo-O und ein paar der Makemono-Krieger machen sich auf nach Osaka, um gegen den Chojin anzutreten. Doch bevor sie dort ankommen, müssen sie noch ein paar Aufgaben meistern, die ihnen Chojin stellt. Sie müssen durch ein Tal, das sich Secret Garden nennt. Dort leben Kinder, die mit ihrer PSI-Energie die Erwachsenen zu Sex-Orgien zwingen und sie töten. Ihr Anführer Eruth will mit dem Blut von Kyo-O seinen toten Bruder wiedererwecken. Doch da gibt es noch Amano und die anderen, die etwas dagegen haben. Dann stehen sich endlich Chojin und Kyo-O gegenüber.

Die OVA erzählt von der Ankunft des realen Chojin auf der Erde, um diese zu vernichten.