Raymond Holt se convierte en el capitán del precinto 99 de la policía de Nueva York y casi inmediatamente se enfrenta con Jake Peralta, que es tan inmaduro como hábil para resolver crímenes. En otros eventos, se establece la apuesta anual del precinto en el atraco de Halloween, Charles Boyle recibe un disparo en el trasero mientras protege a su compañera detective Rosa Díaz de un criminal que le guarda rencor a Holt, la brigada ve la vida familiar de Holt, Charles comienza una relación con una mujer que termina cuando se cancela su compromiso y Jake desarrolla sentimientos por su compañera detective Amy Santiago después de ganar una apuesta.

Jake descubre un topo en la comisaría, Amy encuentra un fallo en uno de los viejos casos de Holt y el equipo recibe formación contra terroristas.

El Nine-Nine obtiene un nuevo capitán, Seth Dozerman (Bill Hader) que muere de un ataque cardíaco después de ver a Jake y Amy besándose. El Buitre asume el mando de la comisaría, pero Holt lo retoma gracias a Jake después de que los dos atrapan a un asesino en serie. Charles comienza una relación con una curadora de arte que fue incriminada por fraude de seguros. La esposa de Terry da a luz a su tercera hija, Ava, en Acción de Gracias. Rosa rompe con Marcus y comienza una nueva relación con Adrian Pimento, un detective que ha estado encubierto durante 12 años.

Jake y Holt están en Florida como parte del programa de protección de testigos hasta que el 9-9 los ayude a derribar a Figgis. El escuadrón es posteriormente castigado con la colocación en el turno de noche, pero son puestos de nuevo en el turno de día cuando el Capitán C.J. Stently es transferido del servicio activo por su incompetencia. Charles y Genevieve adoptan un hijo, Nikolaj. Adrián regresa y reanuda su romance con Rosa, pero ellos cancelan su boda y deciden tomarse su tiempo para conocerse. Jake y Amy se mudan juntos después de haber hecho una apuesta para ver cuál de ellos puede conservar su apartamento para atrapar a los criminales más fugitivos. Gina es atropellada por un autobús y queda embarazada con el hijo de un primo de Boyle, Milton. También evita que cierren la comisaría. Terry se convierte en una víctima del perfil racial.

Jake y Rosa se adaptan a la vida en la cárcel antes de que los Nine-Nine puedan arrestar a Melanie Hawkins cuando Holt se ve obligado a hacer un trato con el mafioso local Seamus Murphy. Después de su liberación, Jake se da cuenta de que no está listo para volver al campo de inmediato y Rosa rompe con Adrián. Durante el quinto atraco anual de Halloween, Jake le propone matrimonio a Amy y se comprometen. En un viaje a Los Ángeles para el funeral del anterior capitán de los Nueve-Nueve, Holt se entera de que está en la carrera para convertirse en el nuevo comisionado de policía y la tripulación promete ayudarle a lidiar con Murphy. Rosa sale como bisexual. Gina regresa a los Nueve-Nueve después de pasar meses de licencia por maternidad.

Holt se entera de que perdió el puesto de comisionado a manos de John Kelly y es enviado a una profunda depresión hasta que Jake y Amy lo alientan a hacer frente a las políticas regresivas de Kelly, lo que resulta en que el nuevo comisionado tome represalias contra el precinto 99. Gina deja su trabajo después de decidir que sus talentos serían mejor utilizados en otro lugar y se convierte en una celebridad exitosa de Internet. Amy y Jake debaten sobre si quieren hijos o no. Terry pasa el examen de teniente y gana el atraco del Cinco de Mayo, también conocido como atraco de Halloween por primera vez.

Holt lucha para lidiar con el hecho de ser degradado a oficial de patrulla. Finalmente vuelve a su puesto de capitán tras la inesperada muerte de su rival, Madeline Wuntch. Jake y Amy deciden empezar a intentar tener un bebé y finalmente descubren que esperan un niño después de luchar por concebirlo durante seis meses. Charles es aceptado en uno de los nuevos grupos de trabajo de Holt. Por primera vez en la historia de la comisaría, el atraco de Halloween produce un triple ganador después de que Rosa gane los atracos de Halloween, San Valentín y Pascua.

Durante esta entrega, los detectives Jake Peralta y Amy Santiago deberán enfrentarse a algo más difícil que cazar criminales, se trata del cuidado de su pequeño bebé. Por otro lado, el capitán Raymond Holt aprenderá más sobre la era tecnológica, y Charles Boyle comienza a cuestionarse sobre su futuro como compañero de Peralta. Más situaciones fuera de control, nuevos criminales haciendo fechorías, más momentos de incertidumbre y muchas risas, es solo algunas de las cosas que promete el final de la aclamada serie. Los actores Andy Samberg, Andre Braugher, Stephanie Beatriz, Terry Crews, Andre Braugher y Joe Lo Truglio regresan para interpretar a sus icónicos personajes.