Ambientada en la Florencia Renacentista del siglo XV, la serie sigue la vida temprana del joven Leonardo da Vinci, quien a sus 25 años posee un gran talento para la creación, lo artístico e intelectual y para el desarrollo de ideas, pero que se muestra insolente y sarcástico ante una casta gobernante que no acepta que nadie la supere. Durante su búsqueda de financiación para poder desarrollar sus alocados proyectos, Leonardo termina realizando la colombina para el Carnaval de Cuaresma, lo cual le da la oportunidad de mostrarle a Lorenzo de Medici sus proyectos de ingeniería militar, una acción que llama la atención de la familia Medici y de la familia rival los Pazzi. Mientras tanto Leonardo se topa con Saslan Al Rahim, miembro de una secta antigua que pone en duda la forma con la que los poderes mantienen al pueblo apartado del conocimiento y los beneficios que éste puede aportar a la mayoría que no ha sido bendecida ni por su posición ni por dinero.

En la segunda temporada con Riario pisándole los talones, Leonardo se embarcará en un viaje heroico entre la vida y la muerte en busca de la Bóveda Celeste.