Veinticinco años después de que una guerra entre un ejército de ángeles y la humanidad ha transformado al mundo, los humanos han sido capaces de construir ciudades amuralladas y desarrollar tecnología para evitar un nuevo ataque del ejército comandando por el arcángel Gabriel, mientras continúan con la esperanza de que el salvador aparezca. Por otra parte, el arcángel Miguel ha entrenado en secreto al salvador, convirtiéndolo en un soldado de su regimiento. Cuando Alex Lannon, un joven soldado rebelde descubre que él es el salvador de la humanidad su primera reacción es la negación pero tardará poco tiempo en comprender que ahora que su identidad ha sido descubierta debe lidiar con el hecho de que se ha convertido en el principal objetivo de los seguidores de Gabriel, quienes han podido pasar desapercibidos y han burlado la seguridad de la ciudad para encontrarlo, por lo que deberá tener cuidado de aquellos más cercanos a él

En esta segunda temporada una guerra civil se desata en el seno de Vega. Alex, el Elegido, lucha para detener al Arcángel Gabriel y trata de unir a Vega contra una nueva amenaza maligna. Además, conocemos una nueva ciudad.