Después de cinco años de albergar sentimientos ocultos, el estudiante de secundaria Taiju Ooki finalmente está listo para confesarle su amor a Yuzuriha Ogawa. Sin embargo, justo cuando Taiju comienza su confesión, una luz verde cegadora golpea la Tierra y petrifica a la humanidad en todo el mundo, convirtiendo a cada ser humano en piedra. Varios milenios después, Taiju se despierta y descubre que el mundo moderno es completamente inexistente, ya que la naturaleza ha florecido en los años en que la humanidad se detuvo. Entre un mundo de estatuas de piedra, Taiju se encuentra con otro humano vivo: su amigo Senkuu, amante de la ciencia, que ha estado activo durante unos meses. Taiju se entera de que Senkuu ha desarrollado un gran plan: lanzar el renacimiento completo de la civilización con la ciencia. La fuerza de Taiju y el cerebro de Senkuu se combinan para forjar una asociación formidable, y pronto descubren un método para revivir a los petrificados.

Senkuu se ha propuesto recuperar dos millones de años de logros humanos y revivir la totalidad de aquellos convertidos en estatuas. Sin embargo, un hombre se interpone en su camino: Tsukasa Shishiou, quien cree que solo los más aptos de los petrificados deben revivir. A medida que la nieve se derrite y se acerca la primavera, Senkuu y sus aliados en el pueblo de Ishigami terminan los preparativos para atacar el Imperio Tsukasa. Con un modelo de teléfono celular reinventado ahora a su disposición, el Reino de la Ciencia está listo para lanzar su nuevo plan para reclutar a un número considerable del ejército de Tsukasa a su lado. Sin embargo, es una carrera contra el tiempo; por cada día que el Reino de la Ciencia pasa perfeccionando sus inventos, el imperio crece rápidamente en número.

Tras el final de las Guerras de la Piedra, los antiguos miembros del Imperio del Poder Tsukasa unen fuerzas con el Reino de la Ciencia para construir un barco capaz de surcar los océanos en busca de respuestas al misterio de la petrificación global. Sin embargo, antes de que puedan comenzar su viaje, Senku y sus amigos necesitan encontrar algunos recursos importantes y potenciar algunos nuevos avances científicos para construir el tipo de embarcación que necesitan.