Marcos llega al internado de la mano de su pequeña hermana Paula. También es nueva María, que entra como nueva limpiadora. Alfonso confía en Vicky y Carol para contarles un secreto: el internado es peligroso y tienen que salir de allí como sea. Para ello, les cita de noche en el cementerio próximo al edificio. Por si acaso, las chicas se lo cuentan a Iván, Roque y Cayetano y empiezan a investigar en secreto la desaparición de cinco alumnos del antiguo orfanato.

La muerte de Cayetano ha despertado aún más el interés de los chicos por saber quién se esconde detrás de todos los extraños asesinatos cometidos en El Internado, sobre todo para Roque, fiel amigo del fallecido y supuestamente última persona con la que habló. Llega un nuevo profesor de matemáticas: Mateo, y a su vez una nueva alumna un poco conflictiva. Ella es Julia, que viene al internado después de haber mantenido una relación sentimental con su expadrastro. Elsa está embarazada de gemelos y descubre que ella tiene un hermano gemelo que anda perdido por el bosque, y que supuestamente había fallecido después de nacer. Pero a través de los recuerdos de Jacinta vemos que ella lo escondió en el pasado para proteger su vida y él es el Gnomo, amigo de Paula. Elsa cuando va al encuentro de su hermano al verlo se asusta y pierde a los gemelos el hermano la lleva hasta el internado pero antes de llegar le matan.

Iván mató al contacto de Fermín cuando este apuntaba a María con una pistola. La limpiadora se deshizo del cadáver. El jefe de Fermín piensa que les ha traicionado llevandose el tríptico de la Epifanía y ha mandado a Nora (Mariona Ribas) al internado, como profesora de historia, para vigilarle. Los chicos piensan que Héctor es el culpable de todo, pero se dan cuenta de que eso no es cierto al averiguar que perteneció al grupo de huérfanos que, como ellos, investigaban lo que pasaba allí. Irene Espí intenta escapar por los pasadizos con su bebé con la ayuda de Nora, quien muere en los pasadizos. Nora mientras que agonizaba llama a Fermín y le dice donde esta Irene Espí para ser rescatada.

Fermín está ansioso por descubrir quién fue el asesino de su padre, ya que sabe que está en el internado. A lo largo de la temporada se da cuenta de que su padre mató a tres de los fundadores del Proyecto Géminis. Al internado llegan, por un lado, Martín (Ismael Martínez) y su hijo Lucas (Javier Cidoncha), que están huyendo ya que Martín se escapó con su hijo a espaldas de su mujer Silvana Yerena (Lara Ruiz). Y por otro lado, Toni (Alejandro Casaseca), padre biológico de Iván, que viene a limpiar la chimenea de la cocina y se queda como reparador técnico.

Rebeca (Irene Montalà), como nueva profesora de historia; Lucía (Lola Baldrich), como médico del internado y Hugo (Javier Ríos), como nuevo profesor de educación física son los nuevos personajes de esta nueva temporada. Rebeca sentirá una atracción hacia Martín, que se ve perturbada ya que ella ve el lado más oscuro de alguien con solo tocarle, y vio como mataba a don Joaquín. Por otro lado investiga junto a Fermín a los nazis del internado. Hugo se da a conocer como uno de los accionistas de la empresa Ottox, uniéndose a Noiret y Camilo. Otros dos nuevos personajes son Nacho (Jonás Beramí), novio de Vicky, y Fernando (Adam Quintero), hermano de Amelia, y según dice él, "moneda de cambio" del Proyecto Géminis, ya que le inyectaron el virus para proporcionarle la cura solo si su hermana ayudaba al proyecto. Tanto Fermín y Rebeca como los chicos descubren bajo la ermita una sala de reuniones con una esvástica. Allí es donde los ocho fundadores nazis se reunían.

Según les cuenta Lucas a Evelyn y a Paula, un animal salvaje suele entrar por la cocina y devorar toda la comida que pilla. No se trata de otra persona que Camilo, que sobrevivió a las quemaduras y malvive en el bosque adiestrando lobos, para vengarse de Ottox. Noiret descubre que su hijo biológico que mantiene con Lucía está encerrado en un lugar protegido de los rayos solares, ya que padece la enfermedad de Gunther (morirá si le da el sol). Además, el abuelo de Marcos y Paula se aprovecha de la amnesia de Andrés(Padre de Marcos y Paula) para hacerle creer que estuvo ayudandole con los experimentos antes del accidente. El hermano gemelo de Hugo, Apolo, está en el internado y Hugo no tendrá más remedio que enfrentarse a él. Por otra parte, los chicos siguen dándole vueltas al tema de que uno de ellos es un traidor, sobre todo Carolina, que muere asesinada por el traidor justo después de enterarse quién es: Roque..

El ejército ha rodeado el internado con el protocolo NRBQ, y no deja salir a nadie ya que es una cuarentena. Todos acaban contagiados y sin medicinas, al descubrir que todo está en manos de Ottox y que el coronel Araujo está al mando de la cuarantena y és uno de los nazis y fundador del proyecto Géminis. El coronel cuenta con la ayuda del Teniente Nicolás Garrido, qué está infiltrado en el Internado. Cuatro personas nuevas entran en el internado (están infectadas): Clara (la antigua profesora de baile, qué trabaja para Ottox), Curro (buscaba a Amaia cuando se contagió), la madre de Javier Holgado y otro chico más del que aún no se sabe nada. Fermín se encuentra en peligro en varias ocasiones, los chicos descubren que Roque es el traidor. Muere Amelia y Elsa y Héctor es atrapado.