Cuando la agente del FBI Audrey Parker (Emily Rose) llega a un pueblo pequeño de Haven, Maine, en un caso de rutina, ella pronto se encuentra envuelta cada vez más en el regreso de "Los Problemas", una plaga de aflicciones sobrenaturales que han ocurrido en la ciudad por lo menos dos veces antes. Con una apertura a la posibilidad de lo paranormal, también encuentra una relación personal en Haven que puede llevarla a encontrar a la madre que nunca ha conocido. Parker comienza a darse cuenta de que su llegada en Haven pudo haber sido planeada y que su nombre e incluso memoria puede no ser la suya. A medida que la serie avanza, descubre más sobre el misterio tanto de Haven como de su verdadera identidad. Ella y su compañero Nathan Wuornos con frecuencia enfrentan problemas causados tanto por los efectos de los problemas, así como también la gente del pueblo que toman medidas más drásticas contra los que tienen problemas.

En esta nueva temporada Audrey se dará de bruces con el misterio que rodea su propia vida en la figura de una mujer que comparte su memoria y su identidad.  Duke intentará resolver el enigma del símbolo que aparecía en la profecía de la primera temporada y Nathan, tras la muerte de su padre, deberá aprender a vivir sin él, al tiempo que acepta el puesto de Jefe de la policía de Haven. En esta nueva temporada Audrey se dará de bruces con el misterio que rodea su propia vida en la figura de una mujer que comparte su memoria y su identidad.  Duke intentará resolver el enigma del símbolo que aparecía en la profecía de la primera temporada y Nathan, tras la muerte de su padre, deberá aprender a vivir sin él, al tiempo que acepta el puesto de Jefe de la policía de Haven.

En esta tercera temporada la rivalidad de Nathan y Duke se agudizará al tener que buscar a Audrey y descubrir al misterioso secuestrador, quien parece saber demasiado sobre Haven y Audrey. Además, el enigmático malhechor tendrá mucho que ver con un caso de asesinato que sacudió Haven 27 años atrás, la última vez que Audrey, entonces llamada Lucy Ripley, estaba en Haven.