Doce años antes del inicio de la historia, Ging Freecss abandonó a su hijo Gon y lo dejó bajo el cuidado de su prima Mito en Isla Ballena. Al crecer Gon, descubre que su padre (el cual supuestamente habia muerto) lo había abandonado para convertirse en uno de los mejores cazadores. Motivado por esto, Gon decide dejar su hogar y presentar el examen de cazador, el cual consiste en superar una serie de desafíos que buscan probar las habilidades, supervivencia y trabajo en equipo de sus participantes. Durante el examen, Gon conoce y se hace amigo de otros tres participantes: Kurapika, el último miembro del clan Kurta, que desea convertirse en cazador con el fin de vengar a su familia y recuperar los ojos escarlata que fueron robados de sus cuerpos por un grupo de mercenarios llamados Gen'ei Ryodan; Leorio, que tan solo quiere ser cazador para poder pagar sus estudios de medicina; y Killua Zoldyck, un joven que abandonó su anterior vida como miembro de la más famosa familia de asesinos. Así, Gon en compañía de sus amigos vivirán una serie de aventuras mientras cada uno intenta cumplir con su deseo.