Han pasado 10 años después de que Inazuma Japón ganara el torneo Fútbol Frontier Internacional. En esta ocasión, la historia de la primera temporada de esta nueva saga se centrará en un nuevo protagonista llamado Arion Sherwind, quien llega de Okinawa para unirse al Club de fútbol del Instituto Raimon. Sin embargo, se entera que el fútbol está siendo controlado por una organización llamada el Sector Quinto liderado por Alex Zabel quien manda a un equipo llamado los Caballeros Templarios capitaneado por Victor Blade, con el fin de acabar con el Club de fútbol de una vez por todas. Durante la historia, Arion y los demás reciben a un nuevo entrenador quien es nada mas ni nada menos que Mark Evans que con su ayuda, formarán una revolución y deberán ganar el torneo Camino Imperial para poder jugar al fútbol como se debe.

Cuando Arion Sherwind regresa al Instituto Raimon, descubre que todos sus compañeros y amigos ya no son miembros del club de fútbol, así como dicho club ya no existe. Una organización internacional empeñada en borrar el fútbol llamada El Dorado ha enviado a Alfa, un agente del futuro, pues el fútbol se ha convertido en un arma temible en el futuro. Arion es salvado por Fei Rune y su compañero Clark Wonderbot, quien viene desde hace 200 años para ayudar a Arion a proteger el fútbol. Después de fijar la línea de tiempo al estado original, el club de fútbol del Raimon regresa, pero El Dorado sigue enviando equipos para poder derrotar a los chicos, y así el equipo se lanza a la búsqueda para reunir a los Once más fuertes de la historia mediante los escritos en un libro denominado "Enseñanzas del Maestro", recogiendo el aura de figuras históricas y fortaleciéndose con el fin de derrotar a El Dorado y a sus equipos pertenecientes: Protocolo Omega.

¡El fútbol ha vuelto a casa! y será con el torneo que decidirá el mejor equipo juvenil del mundo: Fútbol Frontier Internacional Visión 2. El equipo que se anuncia está formado por Arion, Victor, Riccardo y ocho jugadores que nadie en el mundo del fútbol ha visto u oído antes, pero eso no es todo... Resulta que los ocho son unos completos novatos que nunca han tocado un balón.