Tras el ataque de los Chitauri a la Tierra, el resucitado agente Phil Coulson forma un equipo de fuerzas especiales del Sistema Homologado de Inteligencia, Espionaje, Logística y Defensa, mejor conocido como S.H.I.E.L.D., para lidiar con diversas situaciones en un mundo poblado de superhéroes, alienígenas e historias inusuales.1 3 Establecen su base de operaciones en un avión llamado el «Bus» y comienzan siguiendo el rastro de Mike Peterson, un hombre que consiguió escapar de la explosión de un edificio, y del grupo de hackers activistas «Rising Tide», que han logrado acceder a información confidencial.

Agents of S.H.I.E.L.D. regresa para una segunda temporada dinámica y llena de acción, con el recientemente nombrado Director Coulson (Clark Gregg), ahora guardián de los secretos, responsable de la reconstrucción y restauración de la confianza del gobierno y la opinión pública en S.H.I.E.L.D. tras los eventos de Capitán América: El Soldado de Invierno, donde se reveló que los malvados agentes de Hydra se han infiltrado en la organización. Desde que la existencia de superhéroes y alienígenas se convirtió en algo de dominio público después de la batalla de Nueva York, el mundo ha estado intentando entender la nueva realidad. El Agente Phil Coulson, que había muerto a manos de Loki durante la batalla, fue resucitado y regresó a la acción, reuniendo un grupo pequeño pero muy selecto de Agentes de la organización mundial para el cumplimiento de la ley conocida como S.H.I.E.L.D. (Strategic Homeland Intervention Enforcement and Logistics Division). La misión de S.H.I.E.L.D.: proteger a aquellos que no se pueden proteger a sí mismos de las amenazas que no pueden concebir.

“Marvel’s Agents of S.H.I.E.L.D.” regresa para una tercera temporada llena de acción con el Director Phil Coulson (Clark Gregg) y la Agente Daisy Johnson (Chloe Bennet) liderando la carga mientras S.H.I.E.L.D. busca en el mundo a más gente con poderes tras el desenlace de su batalla épica con Jiaying y su ejército de Inhumanos. No obstante, Coulson y su equipo pronto descubrirán que no son el único grupo buscando a estos nuevos Inhumanos.

Tras lo sucedido en los Acuerdos de Sokovia, y con Hydra eliminada, S.H.I.E.L.D. ha sido legitimizada otra vez y no necesita volver a operar entre las sombras. Desde que el mundo cree que Coulson está muerto, la organización necesitaba un nuevo director para ser su rostro. Coulson se encuentra a si mismo de nuevo en el papel de agente y haciendo equipo junto con Mack, y ambos son asignados para seguir y confirmar la presencia de la gente con poderes, los llamados Inhumanos. Han estado intentando encontrar a Daisy/Quake, quien ha desaparecido tras un intento de pagar por sus pecados del pasado. Pero con el mundo creyendo que Daisy es peligrosa que ha derrumbado bancos y puentes, el nuevo Director no tiene reparos en acabar con ella del todo. La Agente May tiene la tarea de entrenar a un nuevo equipo de especialistas, y Fitz y Simmons han tomado un gran paso en su relación. Pero el nuevo ascenso de Simmons como la Consejera Especial del Director de la Ciencia y la Tecnología, Fitz, al igual que sus otros compañeros, ven difícil confiar en ella desde que se ha convertido en la nueva confidente del director. Robbie Reyes irrumpirá en las vidas del Agente Coulson y el equipo como un mecánico chatarrero que puede convertir una moneda en una Ghost Rider. ¿Será Robbie un amigo o enemigo de S.H.I.E.L.D., al igual que del resto del mundo? Mientras tanto, Fitz descubre que el genio anti social y amigo Dr. Radcliffe ha comenzado a poner los puntos finales a su nuevo y secreto invento.

El Agente Coulson y el equipo escaparon del Marco de LMD Aida y despertaron en el mundo real. No saben que Aida ahora era completamente humana, y con múltiples habilidades inhumanas, con la peligrosa noción de que, con Fitz a su lado, podría cambiar el mundo. Después de derrotarla con la ayuda de Ghost Rider, el equipo salió para una celebración pero fue interrumpido por un hombre misterioso que los congeló. Lo siguiente que vemos es a Coulson a bordo de un barco ... en el espacio. Coulson descubrirá que algunos, pero no todos, de sus S.H.I.E.L.D. los colegas fueron llevados con él y colocados a bordo del barco. A medida que entran en contacto con algunos de los habitantes de la embarcación, queda muy claro que algo salió terriblemente mal, y el equipo tendrá que descubrir su papel y profundizar en este misterio de pesadilla para tratar de corregir lo que salió increíblemente mal.