La primera temporada consta de 22 episodios. Lincoln Burrows es acusado de ser el autor de un crimen que él dice no haber cometido: asesinar a Terrence Steadman, el hermano de la Vicepresidenta de los Estados Unidos. Lincoln es sentenciado a muerte y enviado a la Penitenciaría Estatal Fox River, para cumplir allí su condena hasta el día de su ejecución. Michael Scofield, el hermano menor de Lincoln, está convencido de la inocencia de su hermano y elabora un plan de escape de la prisión. Después de haber planeado la fuga, Michael roba un banco a mano armada para que lo encarcelen en Fox River. Dentro de la cárcel debe llevar a cabo su plan, pero debe superar obstáculos, sobrevivir en prisión y aliarse con otros presos para poder escapar con su hermano de la prisión antes de su fecha de ejecución. Mientras, fuera de la cárcel la abogada Veronica Donovan, amiga de infancia de los hermanos, hace todo lo posible para aclarar la conspiración que llevó a Lincoln a la cárcel, pero los agentes secretos de una organización conocida como La Compañía, hacen lo imposible para obstaculizar el trabajo de Verónica.

La segunda temporada consta de 22 episodios y es continuación directa del final de la primera temporada. Comienza ocho horas después de la fuga de prisión y se centra principalmente en la supervivencia de los fugitivos. Un nuevo personaje importante se introduce esta temporada: el agente del FBI, Alexander Mahone, a quien se le asigna el trabajo de capturar a los ocho de Fox River. Los fugitivos recorren todo el país para no ser encontrados por la policía. Cada uno tiene sus metas individuales, sin embargo, varios coinciden en Utah, donde hay 5 millones de dólares enterrados (Dinero que Charles Westmoreland o "D.B. Cooper", enterró antes de ser capturado). El argumento secundario de esta temporada es el interés de La Compañía por localizar y eliminar a Lincoln Burrows y a los demás fugitivos.

La tercera temporada consta de 13 episodios y es la continuación del final de la segunda temporada, donde la mayor parte de los personajes principales terminan en Panamá. Lincoln es exonerado de sus presuntos crímenes, mientras Michael es encarcelado por cargos de homicidio en la Penitenciaría Federal de Sona, junto con Mahone, T-Bag y Bellick. Michael se ve obligado a escapar de prisión nuevamente, coaccionado por La Compañía para que se fugue y entregue a James Whistler, a cambio de la liberación de LJ y Sara.

Durante la primera mitad de esta temporada el equipo liderado por Mike debe hacerse con las seis tarjetas de Scylla, vitales para derrotar a La Compañía. El grupo está configurado por Michael Scofield, Lincoln Burrows, Fernando Sucre, Sara Tancredi, Brad Bellick y Alexander Mahone. Todos ellos están bajo el control de su superior, el agente Donald Self. Para el sexteto, a excepción de Sara, el hacerse con las tarjetas de Scylla es la única manera de liberar sus cargos, y ser libres una vez acabada la misión.

En el regreso de la serie, los protagonistas de la original Prison Break, Wentworth Miller, Dominic Purcell, Sarah Wayne Callies, Amaury Nolasco, Robert Knepper, Rockmond Dunbar y Paul Adelstein se reúnen para embarcarse en una nueva aventura por todo el mundo con las emociones y momentos clave de la serie original.