Walter White, 50 ans, est professeur de chimie dans un lycée du Nouveau-Mexique. Son quotidien est bouleversé lorsqu’il apprend qu’il est atteint d’un cancer des poumons incurable. Il n’a plus qu’une seule solution pour mettre rapidement sa famille à l’abri du besoin : fabriquer et vendre une drogue de synthèse. Commence alors une longue descente aux enfers.

Après les mésaventures rencontrées avec Krazy-8 et Tuco Salamanca, Walter et Jesse décident de monter leur propre affaire. Mais alors que l’empire d'Heisenberg s’étend de plus en plus, un deal tourne mal et les ennuis commencent. Sur les conseils de Saul Goodman, son avocat véreux, Walter entre en contact avec le propriétaire d’une chaîne de restaurant qui pourrait l’aider à écouler ses stocks de drogue. Pendant ce temps, Skyler commence à avoir des doutes sur son mari tandis que Jesse sombre peu à peu dans l’héroïne.

Deux semaines après la collision de deux avions, toute la ville d’Albuquerque est en deuil. Alors que sa femme a demandé le divorce, Walter refuse de continuer à travailler dans le crime. Mais, au risque de provoquer une guerre entre les barons mexicains et américains, Gus élabore un plan pour le ramener dans la production de drogue. De son côté, Hank cherche un moyen de mettre en prison les trafiquants, et se consacre entièrement à l'affaire Heisenberg qu'il pourrait résoudre en retrouvant la trace du camping-car. Pendant ce temps, deux tueurs du cartel de Juárez arrivent à Albuquerque pour venger la mort de leur cousin Tuco Salamanca.

Alors que Walter retrouve une certaine stabilité professionnelle, Jesse prend ses distances et se fait manipuler par Gus. Mais les pressions et les coups bas de ce dernier pourraient bien conduire Jesse et Walter à s’allier pour se débarrasser de lui. De son côté, Hank court un grand danger lorsqu’il décide d’enquêter sur le restaurant "Los Pollos Harmanos".

À la suite de la mort de Gus Fring, Walter décide de créer son propre empire de la drogue. En partenariat avec Jesse et Mike, ce dernier fait fortune, mais ses plans sont contrariés par son beau-frère Hank, désormais chef des Stups d’Albuquerque, qui est toujours aussi obsédé par le mystérieux Heisenberg.