En pleine période Sengoku, le seigneur féodal Kibaoni Gengetsu se fait battre par le clan Ninja des Igasaki. Dans son dernier souffle, il abandonne son humanité pour devenir un Yokai et prophétise son retour dans 444 années afin de détruire l'humanité. Toutefois, lorsqu'il tente de mettre en application son terrible plan, il se fait de nouveau battre par Yoshitaka Igasaki qui sera par la suite connu sous le nom de Last Ninja. En 2015, Kibaoni Gengetsu est ressuscité d'entre les morts par son assistant Kyuemon Izayoi. Le fils du Last Ninja, Tsumuji Igasaki, rassemble les Ninningers, un groupe composé de ses enfants, Takaharu et Fuka, et de leurs cousins, Yakumo Kato, Nagi Matsuo et Kasumi Momochi, afin qu'ils puissent maîtriser les arts Ninja et abattre Kibaoni Gengetsu.