La série commence par la présentation des différents employés via un tour avec Michael Scott accompagné par la caméra et par le nouveau stagiare (Ryan Howard)5. Le public apprend que Jim a flashé sur la réceptionniste Pam (qui l'a aidé à faire une blague à leur collègue Dwight), bien qu'elle soit fiancé à Roy (qui travaille à l'étage inférieur, à l'entrepôt). La rumeur court que le siège de Dunder Mifflin's planifie de fermer cette branche de l'entreprise, ce qui mène à une panique générale, mais Michael refuse de voir la réalité de la situation afin de maintenir le moral des employés.

Michael passera une nuit avec son chef, Jan, qui vient juste de divorcer, mais ne couchera pas avec elle. Dwight et Angela commenceront eux aussi une relation amoureuse, mais la cacheront au reste des employés. Kelly tombera, elle, amoureuse de Ryan, et ils commenceront à sortir ensemble. Quand Roy demandera Pam en mariage, lors d'une sortie sur un bateau, Jim commencera une dépression et demandera sa mutation dans une autre agence de Dunder Mifflin à de Stamford.

Jim est transféré à Stamford après que Pam ait confirmé son intention d'épouser Roy. Au fil de la saison, la direction est contrainte de fusionner l'équipe de Stamford au sein de la filiale de Scranton. Dans le transfert, outre Jim sont compris Karen Filippelli, sa nouvelle petite amie et le colérique et ambitieux Andy Bernard. Entre Pam, célibataire depuis qu'elle a annulé son mariage, Jim qui a encore des sentiments pour elle et Karen, la situation n'est pas simple d'autant plus que Pam se remet un moment avec Roy. La relation entre Michael et Jan s'intensifie ce qui amène Jan à se comporter bizarrement au bureau tandis que Dwight et Angela continuent leur liaison secrète.

Karen a quitté la branche de Scranton après avoir rompu avec Jim, devenant ainsi regional manager à Utica. Jan, qui est toujours sans emploi vit avec Michael. Ils finissent par se séparer en milieu de saison. Dwight tue de manière non conventionnelle un des chats malades d'Angela sans sa permission. Elle le quitte alors pour Andy, laissant Dwight déprimé. Ryan tente de moderniser Dunder Mifflin en créant un nouveau site de vente de papier en ligne. Il apprend que son N+1, David Wallace, préfère Jim et tente donc de saboter la carrière de ce dernier. Cependant, Ryan est vite arrêté et licencié pour fraude, car il faussait les chiffres de vente de son nouveau site. Toby annonce qu'il part pour le Costa Rica, après avoir accidentellement annoncé qu'il aimait Pam. Il est remplacé par Holly Flax, qui éprouve rapidement de l'affection pour Michael. Pam décide d'écouter ses désirs d'avoir une carrière artistique et assiste à un cours de design de 3 mois au Pratt Institute de New York City.

Jim et Pam se fiancent et Pam retourne donc à Scranton vivre avec Jim, qui a racheté sa maison d'enfance. Ryan, qui a évité la prison en écopant de travaux d'intérêt général, redevient intérimaire à Dunder Mufflin. Michael Scott entame une relation amoureuse avec Holly jusqu'à ce qu'elle soit transférée à la branche de Nashua. Andy apprend que Dwight et Angela continuent de coucher ensemble et les deux hommes décident alors de rompre avec elle. Charles Miner, le nouveau vice président, instaure un style managérial sévère, ce qui pousse Michael à démissionner pour créer sa propre entreprise de vente de papier : la Michael Scott Paper Company. Il arrive à convaincre Pam et Ryan de le rejoindre en tant que commerciaux. Dunder Mifflin voit ses bénéfices diminuer à cause de la Michael Scott Paper Company et décide donc de racheter l'entreprise. Ce rachat permet alors à Pam de devenir commercial, à Ryan de redevenir intérimaire et Michael de retrouver son ancien poste de manager. Erin est la nouvelle réceptionniste depuis le départ de Pam.

Jim et Pam se marient et ont un enfant, Cecelia Marie Hapert. Andy et Erin sont de plus en plus proches mais Andy ne parvient pas à lui demander si elle souhaite sortir avec lui. Des rumeurs d'une éventuelle banqueroute de Dunder Mifflin commencent à se faire entendre. A Noël, Wallace annonce à la branche de Scranton que Dunder Mifflin va se faire racheter par Sabre Corporation, une entreprise spécialisée dans les imprimantes. Alors que Wallace et les autres dirigeants sont remerciés, la branche de Scranton survie grâce à ses bons résultats au sein de l'entreprise.

Il s'agit de l'ultime saison de Steve Carell, ce dernier souhaitant aller de l'avant alors que son contrat arrive à sa fin. Cette saison voit l'arrivée de Zach Woods, dans le rôle de Gabe Lewis. Erin et Gabe ont commencé à sortir ensemble, ce qui provoque le chagrin d'Andy, qui essaye de la reconquérir. L'ex de Michael Scott, Holly, revient à Scranton, pour remplacer Toby, appelé pour être juré pour le procès de "l'étrangleur de Scranton". Le couple Michael et Holly se reforme et Michael demande la main d'Holly. Michael annonce à son équipe qu'il quitte Scranton pour aller vivre avec Holly dans le Colorado, car cette dernière doit s'occuper de ses parents en fin de vie. Angela commence une relation amoureuse avec le Sénateur alors que Pam et Jim font face aux difficultés d'être parents.

Robert California, interprété par James Spader, devient le nouveau PDG de Dunder Mifflin / Sabre. Andy est promu Manager et travaille dur pour faire bonne impression auprès de Robert. Il demande à Dwight d'être son numéro deux. Pam et Jim attendent leur deuxième enfant, Phillip, au début de la saison. Angela est enceinte de son premier enfant, lui aussi Phillip, qu'elle aurait eu avec le sénateur Robert Lipton. ( Même si il est sous entendu que l'enfant aurait pour père biologique, Dwight Schrute ). Darryl tombe amoureux de la nouvelle contremaître de l'entrepôt Val. Dwight est chargé de former une équipe de travail pour aller assister la chargée des projets spéciaux de Sabre, Nellie Bertram ( Catherine Tate ) à Tallahassee en Floride. L'équipe formée de Jim, Ryan, Stanley, Erin ainsi que de la nouvelle intérimaire Cathy Simms intervient dans la création d'une chaine de magasins de vente de produits Sabre. Cathy essaye en vain de séduire Jim. Robert tue le projet de magasin et Erin décide de rester en Floride afin de devenir aide ménagère d'une personne agée. Andy va en Floride pour regagner le coeur d'Erin laissant son poste vacant. Nellie s'autoproclame alors manager.

La neuvième et dernière saison de la comédie télévisée américaine The Office...