À l'Académie Cross, les vampires et les humains coexistent mais ne cohabitent pas. Tous les soirs, les élèves de la Day Class sont soumis à un couvre-feu lorsque débute la nuit des vampires, la Night Class. Yûki et Zero ont été désignés pour veiller sur le bon déroulement de la vie des lycéens et surtout, pour garder le secret. Mais difficile de maintenir les jeunes filles de l'Académie loin de ces prédateurs à la beauté envoutante. Si Yûki, la fille adoptive du directeur Cross, respecte les vampires de la nuit, Zero ne voit en eux que des monstres sanguinaires. Pourtant Zero cache en lui un secret qui risque de compromettre ce fragile équilibre…

Zero est soupçonné à tort du meurtre de Shizuka Hiô, une vampire de sang pur. Le Sénat, haut conseil des vampires, décide de le condamner à mort. Sauvé de justesse par l'intervention de Kaname, Zero apprend que Shizuka n'était pas l'ennemie qu'il s'était imaginé, mais un pion contrôle par une autre éminence grise. De son côté Yûki, persuadée que sa mémoire effacée contient les clefs de la tragédie, s'efforce de retrouver des traces de son passé. Le voile s'apprête à se lever sur les mystères de chacun mais seront ils prêts à accepter l'horrible vérité ?