Yûma Kuga est un étudiant étranger qui vient d’arriver dans la ville de Mikado. Osamu Mikumo, un autre élève de sa classe est chargé de s’occuper du nouveau venu, mais le premier jour à la sortie des cours, ils assistent à l’ouverture d’une brèche dans la réalité, et à l’apparition d’un Neighbor, race d’envahisseur qui vient d’un autre monde. Osamu intervient et utilise une arme issue de la technologie ennemie, le Trigger, qui lui permet de faire appel à des pouvoirs spéciaux. Ce jeune étudiant à l'allure docile se révèle être un membre du Border, l'organisation de soldats d'élite qui contient l'invasion des Navers. Mais peu aguerri, Osamu se retrouve en fâcheuse posture et est alors sauvé par le chétif Kuga, lui aussi en possession d'un Trigger… mais d'une puissance sans commune mesure avec celui d'Osamu… Quelle est la véritable identité de Kuga ? Quelle est la raison de sa présence dans la ville de Mikado ?