Un'improvvisa invasione aliena ha sterminato il 90% degli umani costringendo i sopravvissuti ad adattarsi al meglio per sopravvivere. L'ormai ex professore di storia Tom Mason si ritrova arruolato con uno dei suoi figli, Hal, sotto il comando del Capitano Weaver, un ex militare ora a capo della Seconda Massachusetts. Inoltre Tom deve cercare di proteggere il suo figlio più piccolo, Matt, e al contempo cercare l'altro figlio, Ben, rapito dagli alieni durante le fasi iniziali dell'invasione. Tom viene mandato dal comandante in missione con la sua squadra per cercare del cibo per la loro comunità. Durante la spedizione, Tom combatte contro gli Skitter, alieni a sei zampe, e con i Mech, macchine aliene bipedi comandate dagli skitter. Dopo lo scontro Tom ed Hal vedono Ben che, con altri ragazzi resi schiavi dagli alieni per mezzo di un impianto collegato alla spina dorsale, segue un Mech. Tornati al campo informano Weaver di quello che hanno visto, mossi dall'amore per il fratello/figlio i due vorrebbero andare a prenderlo ma il comandante li blocca per evitare che rischino la loro vita, dando loro nuovi ordini a cui subordina il salvataggio del ragazzo. Guest star: Bruce Gray (Zio Scott), Dale Dye (Jimmy Boland), Martin Roach (Mike).

Dopo 3 mesi dalla cattura di Tom, la Seconda Massachusetts è in guerriglia contro un gruppo di Alieni. Al di là del fiume, una base militare aliena è stata installata per impedire alla base umana di spostarsi. Intanto Tom, dopo aver subito un trattamento neuronale tramite biotecnologie aliene, viene liberato dall'incubatrice, e convocato dal capo alieno, un umanoide, che tramite un Impianto di Karen, comunica a Tom che la razza umana potrà trovare salvezza solo se la Seconda Massachusetts consentirà in modo pacifico all'esercito alieno di farsi rinchiudere in una riserva. Tom non accetta l'offerta, ma il capo Alieno, convinto del fatto che la razza umana non possa resistere alla tentazione di salvarsi, lascia libero Tom, insieme ad alcuni membri dell'esercito tenuti prigionieri. Tom assiste all'esecuzione di questi uomini, mentre lui viene lasciato libero. Dopo aver rimediato una moto, riesce a tornare a Boston. Mentre uccide uno skitter viene accidentemente colpito dal figlio Ben, che stava sparando allo stesso Skitter.

Sono passati 7 mesi dall'incontro tra la 2ª Mass e la nuova specie aliena, i Volm. Tom è stato eletto Presidente dei nuovi Stati Uniti di Charleston, mentre la resistenza umana, appoggiata da Volm e skitters ribelli prende una nuova piega con un susseguirsi di vittorie nei confronti dell'occupazione aliena ostile. Il clima all'interno della città di Charleston non è però dei migliori, sono molti i dubbi ed i sospetti legati alle reali intenzioni delle specie aliene cooperanti. La presenza di una spia tra le file amiche non fa che aumentare il disagio.

La quarta stagione si apre con una drammatica sconfitta per la Seconda Massachusetts pesantemente decimata dagli alieni espheni. La quarta stagione vede Tom di nuovo nello spazio su un'astronave dove ha una sorpresa.

La quinta stagione ci riporta nello spazio insieme a Tom a colloquio con un dorniano che ha assunto le sembianze della sua defunta moglie Rebecca. È il preludio al confronto finale tra terresti ed espheni in cui Tom avrà un ruolo fondamentale. Per altro si scopre che in un lontano passato i terrestri avevano già respinto la loro invasione.