Una nuova avventura sta iniziando nel vasto mondo dei Pokémon! Arrivando all'Accademia Blu, una bambina di nome Liko riceve il suo primo Pokémon partner, Sprigatito. Ma presto si ritrova inseguita dagli Esploratori, un misterioso gruppo determinato a impossessarsi del pendente che indossa. Liko non è da sola però, poiché Friede, Capitan Pikachu e gli altri Locomonauti le offrono protezione a bordo della loro aeronave, l'Ipavida Olivina. Nel frattempo, un ragazzino di nome Roy sogna di diventare un Allenatore di Pokémon, ignaro del segreto nascosto nell'antica Poké Ball che porta con sé.