Nikita è una giovane ragazza dal torbido passato. I genitori sono morti e lei viene adottata da una famiglia ma il suo nuovo padre la maltratta e abusa di lei. Fugge da casa e comincia a drogarsi pesantemente. All'età di 18 anni uccide un poliziotto e viene condannata a morte per iniezione letale, ma prima di essere giustiziata un'agenzia segreta la salva. Tale agenzia si chiama " La Divisione" e nella prima stagione è diretta dal malvagio Percy e dal suo braccio destro Amanda. La Divisione è un'agenzia governativa fuori controllo che recluta persone pronte a morire per dare loro una nuova possibilità, facendole diventare criminali addestrati. Nikita insieme ad altre reclute viene addestrata e ben presto diventa una killer professionista brava a tal punto da essere considerata da Percy la miglior risorsa a disposizione. Dopo tre anni di attività da recluta, Nikita si rende conto di quanto questo mondo sia malato a seguito dell'omicidio da parte della Divisione del suo compagno Daniel, esterno a questo mondo, del quale la ragazza si era innamorata e col quale voleva costruire un futuro. Nikita riesce a fuggire e a nascondersi per molto tempo finché non decide di affrontare la Divisione: il suo nuovo scopo è quello di distruggerla sabotandone le missioni, e a fare ciò non sarà sola: avrà un'alleata, Alex, addestrata ad hoc da lei stessa, che l'aiuterà nell'intento. Anche Michael (addetto all'addestramento reclute e profondamente innamorato di Nikita) e Birkhoff (l'informatico nerd della Divisione) alla fine capiscono che la Divisione va fermata e si alleano con Nikita. Alex invece si sente tradita da Nikita che le ha tenuto nascosto di essere stata lei, quando era in missione per la Divisione, ad aver ucciso suo padre e per questo alla fine della prima stagione si separa da Nikita alleandosi con la Divisione per uccidere Sergej Šemak, l'uomo che ordinò lo sterminio della sua famiglia.

Micheal e Nikita sono sempre più affiatati e li lega ancora di più la voglia di distruggere la Divisione, diretta ora da Amanda dopo aver rinchiuso Percy in una cella nei sotterranei dell'agenzia. Alex nel frattempo ritorna da Nikita tradendo dunque Amanda (la quale sembra molto affezionata alla giovane Udinov); si scopre inoltre che Amanda era da tempo alleata con Ari Tasarov e che tramasse contro Percy da molto tempo. Infine si scopre anche che la Divisione fu creata da Carla Bennet, la donna che ha disintossicato Nikita quando era giovane, e che a quel tempo fosse un'agenzia che aiutava i più bisognosi prima che Percy e poi Amanda la trasformassero in una macchina da guerra senza scrupoli. Il Nikita Team entra alla Divisione, uccidendo Percy e prendendone il controllo.

La Divisione è tornata, ma in una veste tutta nuova e soprattutto con un nuovo scopo. A capo di tutto c'è Ryan, amico fidato di Nikita, e il team si è allargato con l'acquisizione di Sonya (informatica come Birkhoff, col quale avrà un coinvolgimento sentimentale), e, successivamente, di Owen (ripulitore della ex Divisione ora amico di Nikita). Sean decide di allontanarsi temporaneamente dalla Divisione lasciando ad Alex un ultimatum o la Divisione o lui. Michael e Nikita fanno un'importante passo avanti nella loro relazione, ma l'idillio è destinato a non durare. Michael infatti è coinvolto in un incidente e Nikita per salvargli la vita è costretta a tagliargli la mano destra. Questo porta Michael lontano dal campo operativo e porta Nikita ad avvicinarsi ad Owen Elliot. Amanda è il nuovo nemico n.1: infatti, dopo essere riuscita a fuggire in compagnia di Ari Tasarov alla fine della scorsa stagione, adesso si ritrova nel ruolo che fu di Nikita nella prima stagione ovvero come sabotatrice della Divisione per vendetta. Amanda acquisterà sempre più potere e losche amicizie tra i criminali e i terroristo meglio addestrati del Paese e porterà Nikita ad un importante punto di svolta nella sua vita, nella quale la giovane donna farà qualcosa che la macchierà a vita (e davanti a tutto il mondo) come un'assassina.

Sono passati 100 giorni dall'assassinio del presidente degli Stati Uniti e Nikita è ancora in fuga e sulla sua testa vi è una taglia di svariati milioni di dollari. Alex e Sonya sono in India per cercare di rintracciare e smascherare i trafficanti di umani, sapendo che questo li porterà direttamente alla "Bottega", l'associazione criminale terroristica che collaborando con Amanda ha incastrato Nikita per l'uccisione del presidente. Nel mentre Ryan, Michael e Birkhoff, a bordo di un aereo attrezzato che è la loro nuova base operativa, formulano teorie e cercano di rintracciare Nikita prima che lo facciano le autorità.