Il film copre gli eventi che si verificano tra la caduta della Compagnia e il finale della serie. Descrive l’arresto e la detenzione di Sara Tancredi, e il piano di fuga finale che Michael escogita per lei. Rivela inoltre il destino finale di Gretchen Morgan.

Quando Lincoln Burrows viene accusato di aver ucciso Terrence Steadman, il fratello del vice Presidente degli Stati Uniti, viene condannato a morte e incarcerato nel Penitenziario di Stato di Fox River. Suo fratello, un brillante ingegnere strutturale di nome Michael Scofield (che ha mantenuto il cognome da nubile della madre), è convinto della sua innocenza e finge una rapina in banca per essere arrestato e incarcerato nella stessa prigione di Lincoln. In carcere Michael finge di soffrire di diabete di tipo 1 e si lega di proposito alla dottoressa Sara Tancredi, al fine di ottenere l'accesso all'infermeria della prigione. Nel frattempo, all'esterno della prigione, l'avvocatessa Veronica Donovan investiga sui giochi di potere che hanno portato Lincoln nel braccio della morte. I fratelli sono inoltre intralciati da agenti sotto copertura, membri di un'organizzazione nota come la "Compagnia" tra i quali Paul Kellerman. Questa infatti incastrò Lincoln a causa di suo padre, Aldo Burrows, che aveva avuto connessioni con la Compagnia. I fratelli, insieme ad altri sei detenuti, Fernando Sucre, Theodore "T-Bag" Bagwell, Benjamin Miles "C-Note" Franklin, David "Tweener" Apolskis, John Abruzzi e Charles "Haywire" Patoshik, che vengono da questo momento chiamati "gli otto di Fox River", scappano di prigione nell'ultimo episodio.

La seconda stagione inizia otto ore dopo la fuga, concentrandosi in particolare sui fuggitivi. Questi si dividono e viaggiano verso luoghi diversi, per raggiungere ognuno un proprio obiettivo. Brad Bellick viene licenziato dalla prigione e inizia a inseguire per conto suo i detenuti per la taglia in denaro. Molti dei fuggitivi si riuniscono per cercare insieme una grossa somma di denaro nascosta molto tempo prima da Charles Westmoreland. All'agente federale Alexander Mahone viene assegnato l'incarico di rintracciare e catturare gli otto fuggitivi. Viene rivelato che Mahone lavora in realtà per la Compagnia, che vuole gli otto uomini morti. Quando Sara scopre che suo padre, il Governatore Frank Tancredi, è morto, si incontra con Michael e si unisce ai fratelli nel tentativo di rovesciare l'attuale Presidente, un membro della Compagnia. Per assicurare la salvezza ai fratelli, Sara si fa arrestare e affronta il processo. Durante il processo, la testimonianza dell'ex agente segreto Paul Kellerman, che lavorava per la Compagnia, assolve Lincoln e Sara. Tweener, Haywire e Abruzzi vengono uccisi da Mahone, mentre C-Note finisce insieme alla sua famiglia nel programma "protezione testimoni", tuttavia i fratelli riescono a raggiungere Panamá. Michael, T-Bag, Mahone e Bellick vengono infine arrestati dalle autorità panamensi e incarcerati nel Penitenziario Federale di Sona.

La terza stagione segue Michael all'interno di Sona e Lincoln al di fuori, a Panamá. Sona è una prigione che viene gestita dagli stessi detenuti, da quando, un anno prima, le guardie sono state cacciate nel perimetro esterno in seguito a una rivolta. Burrows viene contattato da Gretchen Morgan (un'agente della Compagnia operativa a Panamá), che ha rapito suo figlio L.J. e Sara Tancredi, la donna amata da Michael. Per il loro rilascio, la Compagnia vuole che Michael faccia scappare da Sona un uomo di nome James Whistler. Michael, aiutato da suo fratello e Sucre (fuori dal carcere), inizia a organizzare un piano di fuga. Quando Lincoln tenta di salvare Sara e L.J. seguendo un traccia lasciata dalla stessa Sara, Gretchen dice di aver decapitato la donna e manda a Lincoln la sua testa in una scatola. Michael e Whistler riescono infine a scappare, lasciandosi indietro altri complici, tra cui T-Bag e Bellick. Sucre viene scoperto ad aiutare i fuggitivi e imprigionato a Sona. LJ e Sofia sono scambiati per Whistler, e Michael va in cerca di vendetta per la morte di Sara.

Michael riesce a scovare Gretchen e Whistler a Los Angeles, ma non fa in tempo a farsi dire dai due tutto ciò che è successo alla sua Sara. Nel frattempo, oltre a Michael, vengono pian piano arrestati tutti gli altri: Lincoln viene incastrato dalla compagnia a Panamá, Mahone al ritorno a casa assiste a un tragico evento personale (sempre per mezzo della Compagnia), Sucre e Bellick vengono arrestati dalla polizia di frontiera dopo essere scappati da un incendio doloso che ha distrutto il carcere di Sona, provocato da T-Bag: quest'ultimo intanto, si approprierà dell'identità di Whistler, avendo in possesso il suo famoso libretto, e spacciandosi per un certo Cole Pheiffer. L'agente della Sicurezza Nazionale Don Self, recluta i protagonisti per costituire una squadra e ottenere un oggetto chiamato "Scylla", a patto che successivamente venga data loro la totale libertà da ogni accusa. Viene successivamente rivelato che Scylla contiene informazioni su un'avanzata cella di energia e che è posseduta da un certo Jonathan Krantz, chiamato da tutti i suoi sottoposti come "Il Generale". In realtà è proprio lui il capo supremo dell'intera Compagnia ed è proprio lui ad aver causato tutti gli eventi accaduti finora, nel corso delle precedenti stagioni. Nella prima parte della stagione, la squadra riesce ad entrare in possesso di Scylla, irrompendo nel quartier generale della Compagnia e rubandola. Viene rivelato che Sara è ancora viva, mentre Bellick muore per una buona causa. Self si rivela essere un agente doppiogiochista che ha intenzione di vendere Scylla al miglior offerente: infatti, non appena ottenuto il marchingegno, scappa via lasciando i fratelli e gli altri con carte false, e mettendoli in grave difficoltà. Riluttante, Lincoln decide di unirsi alla Compagnia per recuperare il prezioso oggetto, mentre invece Michael accetta di farsi operare dai medici dell'organizzazione capitanata dal generale Krantz quando scopre di soffrire per un amartoma nell'ipotalamo. Michael scopre che sua madre, Christina Rose Scofield, è ancora viva ed è un'agente della Compagnia.

Sette anni dopo l'ultima evasione, avvenuta l'11 aprile 2005, Lincoln riceve da T-Bag degli indizi che farebbero credere che Michael, da tutti creduto morto proprio durante l'ultima evasione, sarebbe invece ancora vivo e si troverebbe imprigionato ad Ogygia, un carcere dello Yemen, paese in cui è in corso una guerra civile. Nel frattempo da 3 - 4 anni Sara si è sposata di nuovo, con Jacob Anton Ness, un professore di economia specializzato nella teoria dei giochi e insieme al quale ha cresciuto Mike, il figlio avuto con Michael. Quando Lincoln le mostra la foto che ritrarrebbe Michael vivo a fianco di una finestra, lei crede che si tratti solo di un fotomontaggio creato con Photoshop o altro software di fotoritocco. Lincoln invece è deciso a recarsi ad Ogygia, e per farlo chiede aiuto a C-Note, che nel frattempo si è convertito all'Islam e sa molte cose sulle condizioni pericolose del Medio Oriente. Lui inoltre informa Sucre, che fornirà il suo aiuto alla squadra più in là nel tempo. Scopo di tutto è sia far evadere Michael dal carcere sia farlo uscire dallo Yemen e tornare negli Stati Uniti, dove lo stesso Michael potrà mettere a punto un piano per far arrestare e incarcerare Poseidone, un ex-agente della CIA che è la persona a causa di un ricatto della quale Michael sette anni prima ha dovuto far credere a tutti di essere morto.