La prima stagione è ambientata subito dopo il film omonimo, e vede Obi-Wan Kenobi, Anakin Skywalker e la sua giovane Padawan Ahsoka Tano impegnati nella battaglia contro i Separatisti, guidati dal Conte Dooku e dal malvagio Generale Grievous. Vengono riproposti personaggi che sono presenti nel film, come la sicaria Asajj Ventress e Ziro the Hutt ma ne vengono introdotti anche di nuovi come il pirata Hondo Ohnaka, e i cacciatori di taglie Cad Bane e Aurra Sing. I Separatisti, in questa stagione, tentano di ampliare i loro domini invadendo diversi pianeti come Naboo, Rugosa, Maridun e Ryloth. Inoltre sperimentano nuove armi micidiali come un cannone ionico (usato per rendere inermi le navi, prima di distruggerle, senza lasciare quindi nessun sopravvissuto) e il virus Blue Shadow, che può contaminare l'intera Galassia. Nelle prime puntate, la Repubblica ottiene un'importante vittoria con la distruzione della nave di Grievous Malevolence. Nell'ultima puntata, lo spietato cacciatore di taglie Cad Bane riesce a liberare Ziro the Hutt dopo aver tenuto in ostaggio diversi senatori a nel palazzo della Repubblica a Coruscant.

La seconda stagione vede la Guerra dei Cloni proseguire senza sosta, con le battaglie che si spostano su nuovi pianeti come Geonosis, Mustafar e Mandalore. Vengono introdotti altri personaggi secondari come l'amica di Ahsoka Barriss Offee, il vecchio amico della senatrice Amidala Rush Clovis, la duchessa Satine di Mandalore e nelle ultime puntate Boba Fett, figlio del cacciatore di taglie Jango Fett. Nelle prime tre puntate Anakin, Obi-Wan e Ahsoka, devono recuperare un holocron che è stato rubato da Cad Bane per conto di Darth Sidious. Bane ruberà in seguito il cristallo Kyber, contenente la lista di tutti i bambini sensibili alla Forza, ma sarà fermato sul pianeta vulcanico di Mustafar. Su Geonosis il leader separatista Poggle il Minore al sicuro dietro gli scudi deflettori crea nelle sue fonderie migliaia di nuovi micidiali droidi che escono dalle linee di assemblaggio pronti per muovere contro l'esercito dei cloni. I Jedi, decisi a riportare ordine nella Repubblica, organizzano una massiccia invasione per riprendere Geonosis e distruggere le fabbriche una volta per tutte. Nella puntata Il piano Mandalore, Obi-Wan ritrova la sua vecchia fiamma, la duchessa Satine di Mandalore, minacciata da un'organizzazione terroristica nota come la Ronda della Morte. Nelle ultime puntate, viene introdotto Boba Fett, infiltrato tra i Cloni, desideroso di vendetta contro il maestro Jedi Mace Windu che ha ucciso suo padre, Jango, nel film L'attacco dei cloni.

Nella terza stagione, verranno rivelati dei segreti riguardanti la Forza e la profezia sul prescelto. In questa terza stagione vengono introdotte le Sorelle della Notte di Dathomir, con a capo Madre Talzin, cui si unisce Asajj Ventress. Quest'ultima era stata lasciata dal suo padrone, il Conte Dooku, costretto da Darth Sidious che temeva la crescente abilità di Ventress. Tornata su Dathomir, l'ex sicaria sceglie come nuovo allievo Savage Opress, un guerriero della razza di Darth Maul. Ventress sceglie come allievo Savage Opress ma questi, coinvolto in un letale gioco di vendette tra Asajj e Dooku, fugge via per andare alla ricerca di suo fratello Maul. Nell'arco narrativo di Mortis, Obi-Wan, Anakin e Ahsoka vengono attirati con la loro astronave su un pianeta che rappresenta la forza, Mortis. Il pianeta è abitato dal padre, che vuole assicurarsi che Anakin sia veramente il prescelto, secondo la profezia, destinato a riportare equilibrio nella forza. Skywalker deve affrontare le tentazioni del figlio (che rappresenta il Lato Oscuro), che gli farà vedere il suo futuro e ciò che diventerà per far sì che il Jedi si unisca a lui, fino a quando il padre non fa dimenticare tutto ad Anakin sacrificandosi per fermare i piani del figlio. Nell'episodio La Cittadella, Obi Wan, Anakin e Ahsoka si recano in missione sull'Orlo Esterno dove liberano dalla Cittadella, una prigione separatista, il maestro Jedi Even Piell e il capitano Wilhuff Tarkin (in seguito divenuto Gran Moff Tarkin). Nell'ultima puntata della stagione, fa la sua prima e unica comparsa nella serie lo Wookiee Chewbecca.

Nella quarta stagione, la Repubblica è impegnata nel risolvere numerose questioni come la guerra nel mondo oceanico tra i Mon Calamari e i Quarren, la liberazione di popoli oppressi dalla schiavitù, e l'attentato che i Separatisti tentano di compiere ai danni del cancelliere Palpatine. Ventress, dopo il tradimento di Savage Opress, torna su Dathomir da Madre Talzin dove si unisce alle Sorelle della Notte per compiere finalmente il suo destino. Dooku, desideroso di vendetta contro la sua ex allieva Ventress, invia Grievious su Dathomir per eliminare le streghe ma sia Talzin che Ventress riescono a sopravvivere. Dopo la distruzione delle Sorelle della Notte, Ventress si unisce ai cacciatori di taglie sotto le direttive di Boba Fett, prendendo in breve tempo il suo posto. Nella penultima puntata della quarta stagione, fa la sua prima apparizione, lo spietato Darth Maul (dopo l'apparente morte nel film La minaccia fantasma) che viene trovato da suo fratello Savage su Lotho Minor. Questi, rimasto senza gambe, è impazzito ed ossessionato dalla vendetta nei confronti di Obi-Wan che lo ha ridotto in questo stato. Grazie all'aiuto di Madre Talzin, Maul recupera i ricordi e gli vengono ricostruite le gambe. Il rinato Darth Maul, inseme a Savage, affronta così Obi-Wan che viene però imprigionato e torturato. Infine però il Maestro Jedi è incredibilmente tratto in salvo da Ventress e i due riescono a fuggire.

La quinta stagione è incentrata principalmente su Ahsoka, intenta nelle prime quattro puntate ad addestrare un piccolo gruppo di ribelli che vogliono riportare il loro pianeta Onderon, sotto la guida della Repubblica. I ribelli, grazie all'aiuto di Ahsoka, riusciranno a liberare il loro vecchio re Dendup (salvandolo dalla condanna a morte) ed in seguito il pianeta occupato da Grievous. A partire dalla puntata La Messe, e per le tre successive, Ahsoka farà da maestro a dei giovani apprendisti promettenti. Con l'aiuto di Yoda, li condurrà sul pianeta Ilum per sottoporli alla ricerca dei cristalli Kabur, i cuori delle spade laser. Questa stagione vede Maul, insieme al suo apprendista Savage, in breve tempo costruirsi un esercito e conquistare Mandalore con l'aiuto di Pre Vizsla, leader della Ronda della Morte. Vizsla riuscirà quindi a spodestare la duchessa Satine, ma verrà ucciso da Maul che riuscirà a prendere il controllo del pianeta. La duchessa verrà uccisa dal Sith davanti ad Obi-Wan, riuscendo ad avere finalmente la sua vendetta. Attirato dal comportamento dei due Sith, Sidious sbarca su Mandalore dove ucciderà Savage ma risparmierà Darth Maul. Le ultime quattro puntate, vedono Ahsoka ricercata per aver commissionato un attentato al tempio dei Jedi. In fuga dalla Repubblica, la Padawan verrà in seguito scagionata da Skywalker che trova la vera responsabile in Barriss. Dopo essersi scusati con Ahsoka, il consiglio Jedi le propone di riprendere il suo posto nell'ordine, ma la Padawan rifiuta e decide di andarsene.

La sesta stagione vede la Guerra dei Cloni giungere ormai a conclusione, mentre cominciano a nascere i sospetti di molti complotti all'interno del Senato. Nella prima puntata, il clone Tup è affetto da una misteriosa malattia mentale, provocando la morte scioccante di un Maestro Jedi. Verrà mandato su Kamino per fare ulteriori analisi, ma in seguito morirà dopo aver estratto dal suo cervello una specie di tumore. Il clone Fives scopre l'esistenza di una costruzione organica per scopi sconosciuti nascosta nel cervello di tutti i cloni, ma verrà ucciso senza riuscire a rivelare la sua scoperta. Nelle ultime puntate il saggio maestro Yoda, guidato dalla voce di Qui-Gon Jinn, cerca di comprendere come mantenere il proprio spirito dopo la morte attraverso numerose prove che metteranno alla prova il maestro Jedi.