Riprendendo da dove si era interrotta la serie “X-Men” del 1992, gli X-Men si trovano in un periodo di transizione. A un anno dalla partenza del Professor X, Magneto assume la guida degli X-Men, determinato a onorare il sogno di Xavier. Mentre cresce il sentimento anti-mutante, la squadra combatte minacce che vanno dalle Sentinelle alle cospirazioni genetiche, affrontando alleanze instabili, conflitti personali e un mondo che li teme e allo stesso tempo ha bisogno di loro.

La serie continua con l'eroico gruppo di mutanti degli X-Men, diviso e disperso in diverse epoche temporali, che lotta per ritrovare la strada di casa. Nel frattempo negli anni ’90, in assenza degli X-Men, si fanno strada nemici sospetti e crescono nuove forme di intolleranza nei confronti dei mutanti.