世界は、天使の住む天聖界と悪魔の住む天魔界に別れ、激しい闘いを続けていた。天魔界のヘッドであるスーパーデビルは、すべてを悪魔の世界にしようとたくらみ、天聖界のヘッド、スーパーゼウスはそれを阻もうと防戦に応じていた。 世界は、天使の住む天聖界と悪魔の住む天魔界に別れ、激しい闘いを続けていた。天魔界のヘッドであるスーパーデビルは、すべてを悪魔の世界にしようとたくらみ、天聖界のヘッド、スーパーゼウスはそれを阻もうと防戦に応じていた。 ただし、聖フェニックスが無縁ゾーンを越えて次界に行くためには、8人の部下が必要だった。

長かった天使と悪魔の戦いも、「聖魔和合」によってようやく終止符が打たれた。 その後はるかな年月を経て、現在の次界で天使も悪魔もお守りも、みんな仲良く平和に暮らしていた。 そんなある日、食いしん坊でのんびり坊やのピア・マルコは、ひょんな事から時間を管理する「時の塔」へ入り込む。 正義漢気取りの天使ベリー・オズ、金銀財宝に目がないディオ・コッキーと共にマルコが見たのはなんと近い将来訪れるであろう次界滅亡の姿であった。 「聖なる宝石、セント・ジュエルを手に入れれば次界は救われる。聖なる船に乗って探すのじゃ！」過去より現れた老スーパーゼウスの言葉に3人は、言葉を話せない謎の美少女プッチー・オリンと共に、万能メカ、ワープスライダーPに乗って彼らは旅立ったのだった・・・・・ 神秘の宝石、セント・ジュエルを求めて！！

聖魔和合の平和な時代からはるかに時をへだて、今再び天使と悪魔の戦いが始まった。悪魔軍の侵攻により天聖界を追われた天使たちは、お守り住む天地球を逃れ、悪魔達と戦いながら10年がたった。 天地球の首都・テラサピエンスは、悪魔軍に破壊され、その中心部は不気味にバイオ悪魔化されていた。 天使の少年・フェニックス（10才）は、この世の全てを闇に変えようとする悪魔軍の長・デビルゼウスの企みに、敢然と立ち向かい、仲間と一緒に石板を集め、巨魔界神ザイクロイド・アノドの復活を阻止せんがため戦っていく。