地下帝国を支配する狂気の科学者・ドクターヘル。恐るべき機械獣軍団を完成させた彼は、世界征服に乗り出すことを宣言する。だが、野望を阻む邪魔者がいた。日本人の大科学者・兜博士だ。光子力という新エネルギーの抽出に成功した博士は、ドクターヘルの野望と機械獣の秘密を知るただ一人の人間でもあった。そこでドクターヘルは、腹心のあしゅら男爵を呼び寄せ、機械獣を操るバードスの杖を与えて兜博士の抹殺を命令する。孫の兜甲児が駆けつけた時は既に遅く、あしゅら男爵の手により別荘は爆破され、博士は志半ばにして息絶えようとしていた。博士は最後の力を振りしぼり、密かに開発していたマジンガーＺを甲児に託す。ドクターヘルの野望を砕くために作られた、光子力で動く巨大ロボットだ。マジンガーＺに乗り込んだ甲児は、次々と襲い来る悪の機械獣に敢然と立ち向かってゆく！