街道から外れた荒野。足元に白骨が広がり周囲は切り立った崖。千変の刺客・メローナと対峙する髪の長い覆面の少女。少女はメローナの肩口に剣を振り下ろす。体を切り裂かれるメローナ、だが、血は一滴も流れない。余裕のメローナは少女の隙をつき、覆面を切り落とす。メローナが言う｢あれ!?キミ、誰?｣少女が名乗る。｢私の名はレイナ…高貴なる戦士レイナだ!｣貴族の身分を捨て、己の実力を試さんと旅に出るレイナ。レイナは様々な美闘士たちとの出会い、また、行く手を立ちふさがる者たちとの闘いのなか、世界は広く、見知らぬことばかりであることを実感する。そして、生き方の違う姉、雷雲の将・クローデットとの確執。彼女は旅を通して、傷つきながらも成長し、クイーンズブレイドへの参加を決意する…。クイーンズブレイド、それは神の名の下にもっとも強く、もっとも美しい女王を選ぶ闘技大会。誰がその栄光ある玉座につくのか、それは戦ってみなければ判らない。

旅を通して数々の試練を経験し闘士として成長したレイナ。クイーンズブレイドへの参加を決意した彼女は女王・アルドラが待つ帝都・ガイノスにたどり着く。そこにはレイナ同様にクイーンズブレイドを制覇せんと幾多の美闘士が集っていた。レイナの姉、クローデットはヴァンス家の復権を心に誓い、トモエとシズカは祖国・ヒノモトの為に戦う。ナナエルは天使長に参戦を命ぜられ、沼地の魔女の手下達はクイーンズブレイドを潰さんと目論む。帝都・ガイノスに集う美闘士たちの目的は唯一つ、クイーンズブレイドで勝ち抜くこと。クイーンズブレイド、それは神の名の下にもっとも強く、もっとも美しい女王を選ぶ闘技大会。誰がその栄光ある玉座につくのか、それは戦ってみなければ判らない。

大陸を支配する女王を決める四年に一度の闘技会、クイーンズブレイド。逢魔の女王アルドラはついに破れ、かつてない激闘が繰り広げられた30回目のクイーンズブレイドは幕を閉じた。だが、優勝した美闘士レイナは女王の座に就くことなく去り、代わりに雷雲の将クローデットが女王の座に就くことになった。誰からも尊敬される人格者であった彼女に対し、民衆は期待をもって受け入れた。そして、貴族制や重税の廃止、女王直轄軍による各地の紛争の鎮圧など、民衆の期待に応えるかのようにその成果を出していった。しかしそれも束の間、雷雲の女王クローデットは豹変し、前女王以上の軍事大国化へ突き進み、反対するものは力でねじ伏せる恐怖政治を断行した。大陸には戦火が広まり、また急速に世界に浸透し始めた魔導石と呼ばれる錬金技術により”力の格差社会”へと変わりつつあった。そして遂にクローデットはクイーンズブレイドを廃止し、｢自分こそが大陸を支配する永遠の女王である｣と宣言するのであった。しかし、それに叛逆するものが現れた。叛乱の騎士姫アンネロッテである。そして彼女の元には、彼女を慕い美闘士たちが次々と集っていく。その前に立ちはだかるのは、鋼鉄参謀ユーミル、牙を統べるものエリナ、異端審問官シギィら女王の精鋭たる美闘士達であった…。どちらが勝つのか、それは戦ってみなければわからない!