――『それ』は、有史以来、世界の各地にてたびたび観測されてきたものであったが、その年の国連総会にて正式に議題として取り上げられ、限りなく未知に近い既知の存在として、公式に認定されることで一致した。 国際平和維持のため、各国が協調し対処にあたるべき認定特異災害『ノイズ』。 ノイズはヒトを襲い、ヒトに接触することで、炭素の塊へと変えて分解してしまう。対して、ヒトの行使する通常物理法則にのっとった破壊力は、いかに最新・先鋭を誇っていようと、ノイズには微々たる効果しか発揮できず、ヒトは往々にして、ただノイズが通り過ぎ、姿を消すのを待つだけでしかなかった。 ある者は、そんなノイズを「まさに災害だ」と評し、またある者は、ヒトだけを襲い、炭素の塊へと変え、やがてノイズ自身も炭素の塊と崩れ落ちるその様に、「他人を巻き込む自殺願望そのものだな」と吐き捨てるのであった。 物語の舞台は、近未来の日本。東京。 日本政府は、公に出来ない暴力装置をいくつかかかえている。特異災害対策機動部二課は、第二次世界大戦時に旧陸軍が組織した特務室『風鳴機関』を前身としており、一般に周知されている対策機動部一課と同様、特異災害ノイズに対する、被害拡大の阻止と事態収拾を担っているのだが、決定的に異なる点がひとつあった。 『シンフォギアシステム』―― 天敵ノイズの駆逐のため、人類が備えうる、唯一絶対の切り札の保有と、その行使である。 シンフォギアシステムを身に纏ったものだけが、ノイズに対して効率的・有効な攻撃手段を備え、撃退することを可能とする。 だが、既存の技術体系とは一線を画す、異端技術の結晶でもあるシンフォギアは、同時にノイズを殲滅せしめる強力な武装でもあるため、米国との安全保障条約や、周辺諸外国に対する影響も鑑みられ、現在の政府与党判断によって、完全に秘匿されている状態でもある。 誰に知られることなくノイズと戦い、ヒトの暮らしを守る防人たちが年端もいかぬ少女たちであることを――その正体が、当代トップのボーカルユニットである『ツヴァイウィング』の２人、天羽 奏と風鳴 翼であることを知る者は、ごく僅かに限定されている。 立花 響と小日向 未来は、この春より、私立リディアン音楽院高等科に通うこととなった。 憧憬の対象である、アーティスト・風鳴 翼が通うことでも知られるリディアン音楽院に通うことは、響と未来にとって、望外の喜びである。 しかし――そのことが大きな運命の転換になろうとは、まだ気付いてはいない。 『覚醒の鼓動』は、すぐそこにまで迫りつつあった。

風鳴 翼と雪音 クリス、そして――立花 響。 運命に翻弄された少女たちは、ＦＧ式回天特機装束「シンフォギア」にてその身を鎧い、数多の戦いと幾多のすれ違いを経て、決戦の地に集結した。 そびえ立つカ・ディンギルが狙い定めるは、バラルの呪詛にて人類の相互理解をジャミングする巨大な監視装置「月」。 人類史の裏側で数千年に渡って暗躍してきた巫女フィーネの企みは、月を破壊し、神代の言の葉「統一言語」を取り戻すことであった。 だが、月の破壊は、重力均衡の崩壊をはじめ、惑星規模の災厄を引き起こすことになる。 迫り来る脅威「ルナアタック」に対し、命を燃やした少女たちの絶唱は、空に、胸に、高らかに響き渡るのであった。 それから約三ヶ月後。 激闘の末に欠けた月が見下ろす世界にて、物語は再び動き始める。 複雑に絡み合う世界情勢のもと、日本政府が保有する「シンフォギア・システム」は、いまだ各地にて観測が続く、認定特異災害ノイズへの有効対策手段として、機密の一部が開示されたものの、その装者に関しては、多くを秘匿したままとなっている。 日常を保障されつつ、日米共同研究に参加するシンフォギア装者たち。 いつかノイズのもたらす危難を駆逐することができたら、世界のステージで歌ってみたいと夢見る翼。 与えられた場所の暖かさに馴染めず、戸惑うばかりであるが、徐々に他者との接触を受け入れはじめるクリス。 聖遺物との融合を果たし、新霊長と称されるものの、いささかも変わらず趣味の人助けに邁進する響。 それぞれが、それぞれの現在（いま）を生きる中、ひとつの指令が下される。 特異災害対策機動部と、米国連邦聖遺物研究機関が最優先調査対象としている、完全聖遺物「サクリストＳ」を米軍岩国ベースまで搬送すること。 日米両国間の協力体制が確立した今、さしたる問題も無く遂行されるはずの作戦であったが、新たな敵は暗い嵐の夜に紛れ、すぐそこにまで迫撃しつつあった。 開け放たれたバビロニアの宝物庫より蔓延するノイズの大群。 異なる物理法則がもたらす破壊の不協和音が充ちる中、撃ち貫くがごとく、少女の歌声が轟く。 『その名は、ガングニール』 聖遺物との融合症例第一号、立花 響の咆哮である。 統率された動きにて殺到するノイズの群れ。その向こうに見え隠れする人の影――そして歌声。 新たなる局面は、少女たちの血が流れる歌と歌の激突によって幕を開ける。

かつて――融合症例と呼ばれた少女は、世界終焉の真際に奇跡を掴み、ガングニールのシンフォギアと適合を果たす。 地球霊長存続の名目で執行されようとしていた人類淘汰――「フロンティア事変」と称される一連の騒乱は、歌に血を通わせた少女たちの活躍によって終止符が打たれたが、新たな物語は、それから程なくして幕を開けるのであった。 亜宇宙を弧を描いて引き裂く超音速の落下物体。それは、ラグランジュ点での大気圏外活動を終え、地球に帰還しようとしていた国連所属のスペースシャトルであった。 システムトラブルから機能不全と陥り、このままでは機体の空中分解、あるいは地表ヘの激突は免れないという緊急事態に、息を飲むばかりの各国指導者たち。 遡る事、二度に渡り、世界を未曽有の危機より救ってきたシンフォギア装者たちも、その力を日本政府保有の軍備とみなされる以上、たとえ人道的救護支援であっても国外での活動はかなわず、待機を余儀なくされるのであった。 それから経過する１００日余り。 フロンティア事変以降、認定特異災害「ノイズ」の観測は一例としてなく、事の顛末を知る誰もがノイズの根絶と被害の終息を予感していた頃。 本部にてモニターへと向かっていた藤尭 朔也と友里 あおいは、ノイズとは異なる、だが近似した反応波形を確認する。 場所は、横浜港大さん橋ふ頭付近。 そこには、小さな匣をかかえ、逃げるように駆ける黒衣――＜廃棄物１１号エルフナイン＞の姿が見られた。 世界を壊す、歌がある。 今はまだ、やがて訪れるその脅威に気づく者はなく、夏の夜空に、ただ赤き粉塵が舞い踊るのみであった。

後日、「魔法少女事変」と称される、錬金術師キャロルの世界解剖計画を阻止してから数週間後。 立花 響は最大最強の敵を相手に格闘し、為すがままに組み伏せられようとしていた。 対する脅威――その名は「夏休みの宿題」。 学生の本分という、避けられない運命はどうしようもなく過酷であり、抗いようもなく無慈悲である。 どうして、こうなったのか？ 押し潰されそうな心のままに振り返ってみる響。 海にも行った。山にも行った。 新しくできた友達との約束だからと理由をつけて、あちこちの夏祭りを満喫し、夜はバカみたいに口を開けて花火を見上げた。 お盆には学生寮を出て、千葉の実家に戻った。久しぶりの家族水いらず。 「家族が揃ったら、やっぱり鍋だろうッ！」 真夏だというのに、何年かぶりに顔を合わせた父親は、何年か前と変わらず浅薄・短慮を惜しげもなく披露し、そして響もまた、そんな父親のＣ調に同調して、母親と祖母の眉毛の形を見事なくらい「ハ」の字に変えさせた。 少し前に――シンフォギアを身に纏わなければならない超常の事件も発生したが、結果、ちょっぴり世界史に詳しくなったような気になる響。担任から、自分の書く字はまるでヒエログラフと言われ続けてきたが、それがどんなものかようやく知り、さすがにそれはないとも理解した。 かつてないほどに満ち足りた日々。 クラスメイトのひとりは、「あんたの日常も、ようやく深夜のアニメみたいになってきたわね」と評してくれた。言ってることはよくわからなかったが、口ぶりからそれが悪い事ではないと伝わって嬉しかった。 こんな毎日が、永遠に続けば……と願う響。 ――そう…… あんなにもきらびやかな毎日を続けてしまったがためのツケは、いつか払わなければならない。 夏休み後半、登校日。 立花 響の新たな戦いの幕は、ここに切って落とされるのであった。

神の力を以ってして、神そのものを討ち斃さんとした原初のヒトガタ、アダム・ヴァイスハウプトは、サンジェルマンたちの理想の源（パワーソース）であるラピス・フィロソフィカスにて黄金錬成されたシンフォギアが撃槍。暗躍してきたパヴァリア光明結社はここに瓦解し、その残党は、各国機関の活躍によって追い詰められていくのであった。そして——追い詰められているのはパヴァリア光明結社だけではない。かつての超大国アメリカもまた、日本に向けた反応兵器の発射事実を非難・追及され、国際社会からの孤立を招いていた。閉塞した状況は、新たな世界規模闘争の火種にもなりかねないため、速やかなる政治的解決が望まれているが、複雑に絡む国家間の思惑は軋みをあげるばかりで、遅々として進んでいない。当該国である日本も、アメリカとの協調政策を打ち出して関係修復をアピールしているものの、どこかうすら寒い表面的なムードに終始して、局面打開には至っていない。いまだ見えない世界の行く末。さらに、張りつめた空気はここにも。都内ランドマーク各所が一望できる、デートスポットとしても人気の大観覧車のゴンドラに乗っているのは、私立リディアン音楽院に通う高校生、立花 響と小日向 未来。ふたりが手にした鯛焼きは白玉入りであり、絶品。甘すぎず、まるでぜんざいもかくやという口当たりの餡は申し分が無かった。それでも、ふたりの間に緊張が走るのは、何の気なしに未来が響に発した、問い掛けに始まるものであった。返答に窮した響の胸の奥にあるものは、果たして。過去から現在に向けて紡がれたいくつもの物語は、ＸＶに集束していく。聖骸を巡る攻防は、どこまでも真夏の只中。はじける湖面を舞台に、少女たちの歌声が輝きを放つ。