어느 날, 지구상의 모든 인류가 돌이 되었다! 평범한 고등학생 타이주가 5년간 간직했던 짝사랑을 고백하려던 순간, 알 수 없는 힘이 인류를 덮쳐서 지구상의 모든 사람이 돌로 변해 버렸다. 그로부터 수천 년의 시간이 흐른 뒤, 겨우 깨어난 타이주는 자신의 친구인 천재 소년 센쿠와 다시 만난다. 인류가 이룩한 모든 문명이 ′제로′로 돌아간 이 시대에 살아남은 두 고등학생! 절망적인 상황이었지만 천재적인 두뇌를 지닌 센쿠는 과학의 힘으로 세상을 되돌려 놓겠다고 선언한다. 그리고 타이주와 함께 ′제로′에서부터 ′근대 문명′을 만들어 내기 시작하는데... 석기 시대부터 현대 문명까지 과학사 200만 년을 뛰어넘는 전대미문의 모험이 지금 이곳에서 시작된다!

인류가 200만 년간 쌓아 올린 문명이 멸망하고 모두가 돌로 변한 ′스톤 월드′. 그곳에서 초인적인 두뇌와 과학의 힘으로 문명을 만들어내는 ′센쿠′와 무력으로 과학을 제압하려는 ′츠카사′가 대립하는데…

전대미문의 크라프트 어드벤처, 여기 개막! 전 인류가 수수께끼의 현상에 의해 순식간에 석화되고 수천 년. 초인적인 두뇌를 가진 천재 과학 소년 센쿠가 깨어났다. 문명이 멸망한 스톤 월드 앞에서 센쿠는 과학의 힘으로 세계를 되찾을 것을 결의. 새로운 동료를 모아 ‘과학 왕국’을 만든다. 하지만 그때 영장류 최강 고교생 시시오 츠카사가 이끄는 ‘무력 제국’이 앞길을 가로막는다. 인류 정화를 목표로 강력한 무력을 앞세워 과학 발전을 저지하려는 츠카사. 과학 vs 무력의 싸움은 격투 끝에 센쿠 일행의 과학 왕국이 승리하고 두 나라는 마침내 화해한다. 동료의 배신으로 콜드 슬립 상태가 된 츠카사. 그리고 전 인류를 부활시키기 위해 과학 왕국은 석화 광선의 발생원, 지구의 뒤편인 신세계로 향한다. 세계에 갑자기 나타난 석화의 수수께끼를 풀기 위해서 스톤 월드 대항해 시대가 드디어 시작된다!