1999년 세기말, 6년 전 어머니를 여의고 도쿄를 떠났던 소년 '시로우 카무이'가 어머니의 유언에 따라 다시 도쿄로 돌아온다. 카무이의 귀환을 시작으로, 인류를 구원하려는 '천룡(일곱 개의 봉인)'과 인류를 멸망시켜 지구를 정화하려는 '지룡(일곱 명의 사자)' 세력이 도쿄로 집결하기 시작한다. 지구의 미래를 결정지을 선택의 기로에서, 카무이는 거창한 대의 대신 소중한 소꿉친구 '후마'와 '코토리'가 있는 세상을 지키기 위해 '천룡'을 선택한다. 그러나 이 선택은 잔혹한 운명의 톱니바퀴를 돌리게 된다. 카무이가 천룡의 길을 택함과 동시에, 그의 '쌍둥이 별'이자 가장 친한 친구였던 후마가 지룡의 수장으로 각성해 버린 것이다. 각성한 후마에 의해 비극적인 희생이 발생하고, 도쿄 전체를 무대로 결계를 지키려는 천룡과 이를 파괴하려는 지룡 간의 피할 수 없는 사투가 시작된다. 카무이는 처절한 절망 속에서 자신의 진정한 소망을 깨닫고, 피로 물든 세기말의 운명에 맞서 마지막 결전을 준비한다.