In seizoen twee nemen Billy en zijn bondgenoten het op tegen zijn oudste vriend Jesse Evans en de corrupte machten van de Santa Fe Ring. Wanneer er wordt geschoten, ontaardt het conflict in de bloedige Lincoln County War. Te midden van de gevechten zal Billy moeite hebben om vast te houden aan zijn ziel – en aan de liefde van zijn leven.

Na het einde van de Lincoln County War, terwijl zowel Billy the Kid als sheriff Pat Garrett belangrijke kwesties te regelen hebben, staat er een afrekening op stapel. Billy is nog steeds op vrije voeten en Garrett wil hem gevangen nemen, dood of levend. En met een prijs op zijn hoofd, krijgt Billy de kans om New Mexico helemaal te verlaten en een toekomst na te streven met Dulcinea, de liefde van zijn leven. Maar hij heeft nog een onafgemaakte zaak met Garrett, die hem heeft verraden, en besluit te blijven. Ondertussen blijft Jesse Evans, Billy's oude vriend, rivaal en vijand, ook in Lincoln, op zoek naar een nieuw doel en misschien wel verzoening voor zijn zonden. Naarmate de saga ten einde loopt, zal Billy zich uit de naad vechten om eindelijk de gerechtigheid te vinden die hem lang is ontgaan, zelfs als dat betekent dat hij daarbij zal sterven.