Het tweede seizoen begint op het moment dat de eerste crisis van het jonge stel nog maar net voorbij is. Ze hopen te genieten van hun huwelijksgeluk, wanneer donkere wolken zich samenpakken boven Paleis Schönbrunn: Franz krijgt onverwacht te maken met een machtige tegenstander in Europa. En Elisabeth komt onder grote druk te staan, want een troonopvolger moet zo snel mogelijk de toekomst van het rijk veiligstellen. Wanneer het noodlot in alle hevigheid toeslaat, dreigt de liefde van het paar definitief te verbrokkelen. Elisabeth moet niet alleen vechten voor haar gezin, maar ook voor de integriteit van haar ziel.