In januari 2006 trekt Lorne Malvo door Bemidji, Minnesota en beïnvloedt de opgejaagde verzekeringsverkoper Lester Nygaard met zijn boosaardigheid en geweld. Ondertussen werken plaatsvervangend Molly Solverson en Duluth-politieagent Gus Grimly samen om een ​​reeks moorden op te lossen waarvan zij denken dat ze verband houden met Malvo en Nygaard.

Het hoofdstuk van seizoen twee neemt je mee terug naar 1979 in Sioux Falls, South Dakota en Luverne, Minnesota. Lou Solverson, een jonge staatspolitieagent die onlangs is teruggekeerd uit Vietnam, onderzoekt een zaak waarbij een plaatselijke misdaadbende, een groot maffiasyndicaat en schoonheidsspecialiste uit een kleine stad Peggy Blumquist betrokken zijn, samen met haar man Ed, de plaatselijke slagersassistent. Zijn schoonvader, sheriff Hank Larsson, helpt Lou de boel weer op orde te krijgen. Het onderzoek leidt hen naar een kleurrijke cast van personages, waaronder Karl Weathers, de stadsadvocaat van Luverne, Minnesota; Joe Bulo, de frontman van de noordelijke uitbreiding van een misdaadsyndicaat in Kansas City met zijn nummer twee, Mike Milligan; en de misdaadfamilie Gerhardt die momenteel wordt geleid door matriarch Floyd Gerhardt

Na een mislukte poging om Ray's broer Emmit te beroven, raken Ray Stussy en Nikki Swango betrokken bij een dubbele moordzaak. Een van de slachtoffers is een oude man met een mysterieus verleden, wiens stiefdochter Gloria Burgle politieagent is. Ondertussen probeert Emmit de banden te verbreken die hem binden aan de louche organisatie waar hij twee jaar geleden geld van leende. Maar dit bedrijf, met onder andere de werknemers V.M. Varga en Yuri Gurka, heeft andere plannen.

In de jaren vijftig in Kansas City, Missouri, hebben twee criminele syndicaten een ongemakkelijke vrede gesloten. Eén Italiaan, één Afro-Amerikaan. Samen beheersen ze een alternatieve economie – die van uitbuiting, omkoping en drugs. Ook dit is de geschiedenis van Amerika. Om hun vrede te versterken, hebben de leiders van beide families hun jongste zoons geruild.

Nadat Dorothy "Dot" Lyon door een onverwachte reeks gebeurtenissen in de problemen komt bij de autoriteiten, wordt deze ogenschijnlijk typische huisvrouw uit het Midwesten plotseling terug geconfronteerd met het leven dat ze dacht achter zich te hebben gelaten.