Tree Hill is een kleine stad. Misschien te klein voor de halfbroers Nathan en Lucas Scott, die dezelfde vader delen maar twee heel verschillende levens. Nathan is de gouden jongen, Lucas de verlaten onwettige zoon - en nu zijn ze beiden lid van hetzelfde basketbalteam van een middelbare school. One Tree Hill vertelt het verhaal van de hartverscheurende uitdagingen, leugens en liefdes die voortkomen uit de noodlottige nieuwe relatie tussen Lucas en Nathan. Gegeven het verleiden van ieder van hen, zou samenwerking al moeilijk zijn voor de jongens. Maar wanneer daarbij nog de romantische complicaties komen die ontstaan door drie mooie meisjes - plus de emotionele beroering die veroorzaakt wordt door volwassenen die hun beslissingen van lang geleden opnieuw doormaken - en soms betreuren - komen levens gegarandeerd in botsing met elkaar.

Er kan veel gebeuren in één schooljaar. Halfbroers Nathan en Lucas Scott waren eerst zowel op als buiten het basketbalveld in een bittere strijd verwikkeld, maar hebben nu als broers een hechte band gekregen. Er komen echter nog genoeg drama's, trauma's, voorbeelden van toewijding en verraad en allerlei andere verwikkelingen aan. Seizoen twee is een boeiende voortzetting van deze indringende saga over geheimen die verborgen blijven, of juist aan het licht komen. Lucas trekt bij Dan in, om degenen van wie hij houdt te beschermen. Brooke en Peyton maken het weer goed, en voor beide vriendinnen breekt een roerig jaar op romantisch gebied aan. Het huwelijk tussen Nathan en Haley vertoont scheurtjes. Nieuwkomers op Tree Hill High School drijven de emoties hoog op, en op de achtergrond manipuleert de wraakzuchtige Dan Scott alle anderen, als een kwaadaardige marionettenspeler. Toch zijn er dingen die hij zelfs niet kan sturen...