De serie begint in 52 v. Chr., wanneer Julius Caeser eindelijk Gaul veroverd na jaren van oorlog. Echter, in Rome, probeer het Senaat Caesar’s macht af te pakken wat leidt tot een onontkoombare burgeroorlog.

Seizoen één begint in 52 voor Christus als Gaius Julius Caesar na acht jaar oorlog zijn veroveringstocht van Gallië voltooit en zich klaarmaakt om met zijn leger terug te keren naar Rome. Maar terwijl Caesars egoïstische nicht Atia en langverloren geliefde Servilia vol spanning op zijn terugkeer wachten, wanhopen de heersende patriciërs dat Caesars thuiskomst de status quo zal verstoren. Naarmate Caesars legioenen dichter bij Rome komen, worden loyaliteiten van zowel soldaten als burgers op de proef gesteld - en de escalerende spanningen culmineren in een grootschalig conflict dat voorbestemd is om de geschiedenis te veranderen.

De verhaallijn van seizoen twee gaat verder waar seizoen één ophield: met de moord op Gaius Julius Caesar in 44 voor Christus en de bijna gelijktijdige dood van Niobe, de vrouw van Caesars trouwe lijfwacht Lucius Vorenus. Vorenus werd uit zijn functie ontheven nadat hij ontdekte dat Lucius, zijn veronderstelde kleinzoon, in feite Niobe's onwettige zoon was. Vorenus wordt nu bijna gek van zijn falen om Caesar te beschermen, zijn rol in de dood van zijn echtgenote en de geruchten over de moord op zijn van hem vervreemde dochters.