A primeira temporada é marcada apenas pelos simples casos criminais e psicológicos das personagens da série. No último episódio porém, percebe-se que o desenrolar da série irá mudar. Neste episódio, os restos mortais de mãe de Brennan são encontrados (seus pais haviam desaparecido quando ela tinha 15 anos e seu irmão Russ, 19 anos, foge, deixando Brennan na adoção).

A segunda temporada começa com um assassinato que aponta para o pai desaparecido de Brennan e com o fato de que a equipe forense do Jeffersonian ganhou uma nova chefe, Camille Saroyan. Durante a temporada, Brennan, junto com seus amigos do Jeffersonian, descobrem que seus pais eram assaltantes de bancos famosos e o pai de Brennan é preso. No início, Brennan é hostil com seu pai, mas recupera a amizade com ele e com seu irmão, Russ. Nesta temporada, são encontrados restos mortais de duas crianças que haviam sido enterradas vivas. Conforme as investigações ocorrem, descobre-se que o assassino é um serial killer que se auto-denomina O Coveiro, cujo Modus Operandi consiste em enterrar as vítimas vivas e exigir por uma quantia altíssima em dinheiro (caso seja paga, O Coveiro dá a localização do local onde a pessoa está enterrada, caso contrário, a pessoa nunca será achada e morrerá). Brennan e Hodgins são sequestrados e por pouco não morrem, pois conseguem escapar, mas não sem traumas, já que Hodgins tem sua perna ferida, devido ao Coveiro o atropelar quando ele vê Brennan no chão ao pé do seu carro e corre para ela. O caso do Coveiro começa a ser analisado pela promotora Heather Taffet. Nesta temporada, Angela e Hodgins iniciam um namoro.

A terceira temporada começa com uma vítima de canibalismo e a volta de Zack do Iraque. A equipe do Jeffersonian, com a ajuda de Hodgins e suas teorias de conspiração, descobrem sobre uma sociedade secreta de canibais onde sempre haverá um mestre e um aprendiz. O aprendiz é preso e, para evitar denunciar a sociedade, comete suicídio na prisão. Durante a temporada, outras vítimas de canibalismo são apresentadas e descobre-se que Zack substituiu o aprendiz morto e que matou uma das vítimas. Ele faz uma acordo com Caroline (promotora de justiça amiga de Breenan) e é considerado portador de deficiência mental, sendo mandado para uma prisão psiquiátrica. No episódio de número cinco da 4ª temporada temos a volta de Zack, já que sua inteligência é fator crucial para desvendar um assassinato. Durante a investigação, Zack acaba contado para Sweets que nunca matou ninguém e que disse ter matado uma das vítimas de canibalismo para poder ir para a prisão psquiátrica e não para a prisão federal. Como psicólogo e amigo de Zack, Sweets mantém segredo. Durante esta temporada a polícia tenta encontrar Berimbau, ocorre o julgamento do pai de Brennan, e também é apresentado o psicólogo Lance Sweets, que será crucial para o desvendar de muitos casos.

A quarta temporada começa com Booth e Brennan em Londres onde ela faz uma palestra para uma universidade, mas é obrigada a ficar por lá quando um amigo seu, londrino, é morto. Finalmente, depois de muita insistência, Berimbau é encontrado e reluta em assinar o divórcio. Quando finalmente o faz, a relação de Angela e Hodgins está abalada e eles se separam. Assim, Angela inicia um período de celibato para ajeitar sua vida. Sweets começa a namorar uma das estagiárias. No meio da temporada, Booth é sequestrado pelo Coveiro que exige de Hodgins a evidência que está com ele. Booth é colocado em um navio que está prestes a explodir e virar recife artificial. Hodgins vai até o local indicado pelo Coveiro e devolve a evidência. Há uma explosão forte que destrói a evidência. Finalmente, Booth é encontrado e salvo com a ajuda do irmão de Booth. A equipe do Jeffersonian descobre quem é o Coveiro.

A quinta temporada começa como de costume: assassinatos a serem investigados. Booth volta do coma pós-operação com estranhos hábitos, que vão se corrigindo aos poucos. Depois de muito tempo, Angela quebra o celibato e começa a namorar um dos estagiários no Jeffersonia, Wendell. No episódio cem, a partir de flashbacks Booth e Brennan contam para Sweets como foi o primeiro caso deles. Começa o julgamento de Heather Taffet e após muitas provas que ela conseguiu anular, a promotora é condenada por sequestro e assassinato porém, Max, o pai de Brennan, tenta matá-la antes do término do julgamento (temendo que ela saia livre), assim, é preso temporariamente por Booth. Booth, após uma conversa com Sweets, se declara para Brennan e ela diz não sentir o mesmo (mas na verdade não quer arriscar a amizade com um relacionamento amoroso). Angela e Hodgins são presos e passam um tempo juntos na prisão até que a fiança seja paga. Esse tempo é crucial para eles se reapaixonarem um pelo outro e, após o pagamento da fiança, o delegado local os casa. Os dois mantém segredo de seus amigos durante um tempo. Brennan e Dayse são convocadas para trabalhar na Indonésia durante um ano devido a um achado antropológico e Booth é convocado para ir treinar militares no Afeganistão.

A temporada é truncada devido à gravidez e à licença-maternidade de Emily Deschanel. Originalmente, seis episódios foram agendados para o ar em 2011 antes que a série entrou em hiato, mas o sexto episódio foi adiada para 12 de janeiro de 2012, com a série vai então em hiato até a primavera. A temporada começa uns meses depois do final da temporada anterior com Brennan em seu terceiro trimestre. A temporada também introduz um novo antagonista recorrente, cuja pessoa o produtor executivo Stephen Nathan descreve como "inimigo tecnológico fora do século 21" em comparação com os antagonistas recorrentes das temporadas anteriores. Os seis primeiros episódios também lidam com Booth e Brennan se preparando para criar sua filha.

Na nona temporada de Bones, um plano terrível de Pelant, fez com que a 8ª temporada terminasse de uma maneira complicada para Brennan e Booth, mais 9ª temporada reserva muito mais do que todos estamos esperando, o diretor da série prometeu que nesse temporada os protagonistas da série, Brennan e Booth, vão se casar. E isso trouxe muita expectativa para a série, por todos estamos aguardando como isso acontecerá. Agora nos resta aguardar e saber como essa temporada irá de desenrolar.