В небольшой приморский городок Южноморск из столицы приезжает бывший житель этих мест молодой опер Андрей Кораблев. Повод для возвращения в город своего детства у Андрея печальный: он приехал хоронить единственного близкого человека, своего деда, старого рыбака, недавно погибшего в море. В городе Андрея помнят. Когда-то он служил в местном отделе угро, у него осталось много друзей и знакомых по обе стороны закона. Общаясь с ними, Андрей приходит к выводу, что смерть деда не была случайной. Возможно, к ней причастен старый знакомец Андрея - Сергей Боровиков, в прошлом бандит, теперь ставший преуспевающим бизнесменом. Андрей знакомится с девушкой Инной, которая снимает жильё у Степаныча, старого друга и соседа его деда. Инна работает в местном филиале океанографического института, там Андрей знакомится с дельфином Анни, спасённым океанологами после травмы. К удивлению Инны, Андрей на полном серьезе уверяет, что с детства понимает язык дельфинов.

В продолжении истории Андрей Кораблёв всё-таки остаётся в родных краях, чтобы выяснить, кто же этот загадочный «кукловод», который держит в страхе весь черноморский регион. К радости полковника Бухтового он устраивается оперативником в УМВД Южноморска. Расследуя различные преступления, связанные с жизнью Белой Бухты и её обитателей, Кораблёв стремится остановить контрабанду наркотиков, пути распространения которых пролегают через город, и отыскать загадочную подводную лабораторию, где их производят. Основные улики указывают на морской порт: его капитаном служит друг детства Кораблёва, который с энтузиазмом откликается на просьбу Кораблёва о помощи. Ко всем потрясениям добавится гибель Степаныча: в этом горе поддерживать Андрея будут дельфин Васька, Инна и её сын Данька, с которым у него складываются тёплые отношения.

В новом сезоне проекта «Дельфин», обнаружив попытку покушения на Кораблёва, оперативники Южноморска проводят спецоперацию прикрытия, в ходе которой, для того чтобы выйти на преступников, Кораблева якобы убивают и устраивают ему пышные похороны. Появляется в новом сезоне и новый злодей, криминальный авторитет Лука, скрывающийся под именем бывшего заключенного Захара Пескарёва, который решил захватить рынок недвижимости городка, до того, как на его территории будет воздвигнута особая игорная зона, и недвижимость взлетит в цене.