Главные герои Снежка, Алёнка, Маша и Варя — весёлые, отважные, заводные и, на первый взгляд, самые обычные школьницы. Однако на самом деле они — юные волшебницы. Их задача — наблюдать за всеми сказочными персонажами в городе Мышкин: за тем, как те себя ведут, стараться помогать им во всём и стоять на страже спокойствия обычных жителей города. Сказочный патруль сохраняет баланс между миром волшебства сказок и миром людей. Три подруги приезжают в заповедник сказок — город Мышкин — и знакомятся с местной девочкой Аленкой. Пройдя ряд испытаний и преодолев разногласия, девочки становятся настоящими подругами. Они создают команду для контроля над сказочными силами ради спокойствия в мире людей.

События мультсериала продолжаются в Волшебном мире, в котором Алёнка пытается отыскать своих родителей, пропавших без вести 12 лет назад (не без помощи подруг и союзников). Спустя короткое время Сказочник назначает Сказочный патруль хранителями Волшебного города. Их задача почти такая же, как и в 1 сезоне — наблюдать за поведением сказочных персонажей, оказывать им помощь и охранять спокойствие города. Однако, несмотря на это, девочки всё также должны отыскать родителей Алёнки, при этом пройдя через множество знакомств и приключений (помирившись с Владом, помогая ему вернуть прежнее обличие), чтобы собрать необходимые волшебные артефакты, и получить новые превращения.

События мультсериала начинаются снова в Мышкине, куда Варя, Маша, Снежка, Алёнка и Алиса недавно вернулись из Волшебного мира (что не обошлось без неловких конфузов и небольших приключений). Они готовятся отправиться в Волшебный колледж, чтобы продолжать обучение волшебству и чародейству. Однако, Алёнке придётся сдавать вступительный экзамен, так как раньше она там не училась. После прибытия в Волшебный колледж, девочек встречает аспирант Астер и высокомерная (порой жестокая) волшебница Любава с её «приспешницами» (лучшими подругами) Настей и Кикой. Несмотря на все трудности, Алёнке все же удаётся сдать вступительный экзамен, пускай и на минимальный проходной балл. Какие испытания ждут юных волшебниц в Волшебном колледже?...

В новом сезоне девочки немного повзрослели и получили новые наряды. Они отправляются на каникулы в Мышкин, где в библиотеке Сказок проходит Сказочный фестиваль. Сказочные персонажи со всего света собрались на него ради редкого события — Затмения Лиловой Луны. Раз в сто лет волшебная Луна наделяет камень-хранитель Мышкина магической силой, которая позволяет сказочным персонажам жить в мире людей. Однако волшебный камень был похищен, и «Сказочному патрулю» предстоит расследовать его похищение. Под видом волонтёров они отправляются на поиски артефакта. Спустя некоторое время девочки обнаружили похитителей; ими оказались Несмеяна, их одноклассница, и её старшая сестра Марена. «Патрулю» пришлось очень сильно постараться, чтобы поймать дерзких девчонок. В конце концов камень вернули и фестиваль состоялся.

Девочки подросли и стали ещё сильнее. Готовясь к очередному экзамену в Волшебном Колледже, Алёнка при помощи специального кристалла ночью слушала лекции, дабы все запомнить и рассказать профессору Кривозубу. Но вдруг лекция прервалась, и голос очень быстро проговорил заклинание для открытия портала в Зартию. Когда начался опрос учеников, Маша сначала выступила без единой ошибки. Вдруг резко отвечать вызвалась Аленка, что очень удивило преподавателя. Она неплохо всё рассказала, но по ошибке девушка повторила и слова заклинания о Зартии. Крив Кузьмич пришел в недоумение, что взрослые волшебницы верят в, казалось бы, выдуманные шуточки. Это секретное послание очень заинтриговало Машу, и девушка начала искать разгадку. В заклинании указывалось, что „нужно поджечь падающее зеркало“. Сначала Алёнка подкинула свое карманное зеркальце и подожгла его, но ничего не вышло.