Задолго до начала времён Первый Мастер Кружитцу при помощи четырёх видов Золотого оружия Кружитцу, настолько могущественных артефактов, что никто не мог контролировать силу всех четырёх одновременно, создал мир Ниндзяго. Когда старый мастер умер, двое сыновей поклялись защищать Золотое оружие, но душой старшего из них — Гармадона — овладела тьма и он захотел обладать оружием. Братья сошлись в поединке. Лорд Гармадон был побеждён и отправлен в Преисподнюю. На остров вернулся покой, а младший брат, Ву, спрятал Золотое оружие в самых дальних уголках мира Ниндзяго. Столетия спустя Ву нашёл четырёх храбрых Ниндзя — Коула, Джея, Кая и Зейна — которых он обучил искусству Кружитцу, чтобы те стали новыми хранителями могущественного оружия. Кай был последним, кого Ву позвал в свою команду. Впервые Кай встретился с Ву, когда Самукай и его жуткая армия скелетов похитили сестру Кая, Нию, и украли карту, указывающую, где спрятано Золотое оружие. За похищением стоял Лорд Гармадон, который подчинил себе Преисподнюю. Но душа Кая пылала жаждой справедливости. Он во что бы то ни стало хотел освободить Нию, поэтому отправился вслед за Ву, чтобы присоединиться к остальным Ниндзя. Коул, Джей, Кай и Зейн используют всё своё мастерство Ниндзя, чтобы победить армию скелетов и самым естественным образом осваивают искусство Кружитцу. Хотя Ниндзя с успехом справились с непростой задачей: отыскать всё Золотое оружие, они стали жертвами хитроумного плана Лорда Гармадона, благодаря которому злодей смог открыть портал и сбежать из Преисподней в Тёмное измерение. Теперь он надеется однажды возродиться и овладеть всеми четырьмя видами Золотого оружия. Мир вновь воцарился на землях Ниндзяго. Четвёрка Ниндзя поклялась защищать Золотое оружие, предвидя возвращение Лорда Гармадона.

С исчезновением Лорда Гармадона из Преисподней на острове Ниндзяго воцарились мир и спокойствие, а жизнь Ниндзя стала ленивой и размеренной. Гармадон тем временем прячется в тени, ожидая удобного случая, чтобы нанести решающий удар. В это время он знакомится со своим юным сыном, Ллойдом, который по своей беспечности подвергает остров Ниндзяго новой ужасной угрозе — нашествию древних Змеиных кланов. Предводитель Серпентинов, Пайтор, думает коварный план чтобы возродить легендарного Великого Поглотителя — змея, способного пожирать всё на своём пути. Ниндзя придётся заглянуть внутрь себя, чтобы полностью раскрыть свой потенциал. Само существование острова Ниндзяго теперь под угрозой. Ниндзя приходится не только сражаться с нашествием Змеиных кланов, но и взять на себя воспитание Ллойда, когда становится известно, что именно он станет Зелёным Ниндзя из пророчества — могущественным воином, которому суждено победить Тёмного лорда в решающей битве между добром и злом. По мере развития событий каждый из Ниндзя делает важные открытия о своей природе, что позволяет им овладеть силами стихий. Чтобы справится с Великим Поглотителем, Ниндзя приходится положиться на помощь Лорда Гармадона, который обладает уникальной способностью использовать все четыре вида Золотого оружия. В конце концов, Лорд Гармадон исчезает, прихватив с собой Золотое оружие — то самое, которое необходимо ему, чтобы превратить остров Ниндзяго в его отражение.

Лорду Гармадону удалось улизнуть вместе с Золотым оружием, и теперь он подчинил Серпентинов. Ниндзя в это время все свои силы бросают на подготовку юного Ллойда, которому предстоит в решающей битве проявить всё своё мастерство, чтобы победить Лорда Гармадона. Лорд Гармадон, мечтая заполучить небывалое могущество, отправляется в Золотые горы, чтобы превратить четыре вида Золотого оружия в орудие созидания — Мегаоружие. Заполучив Мегаоружие, лорд Гармадон возвращает к жизни существо, которое охотится на Ниндзя — Грандла, и запускает вспять часы последней битвы. Завтрашний чай превращает Ллойда из ребёнка в юношу. Зелёному Ниндзя приходится пожертвовать своим детством и принять свою судьбу. Мегаоружие позволяет Лорду Гармадону отправиться назад во времени и попытаться помешать созданию команды Ниндзя. Ниндзя следуют за ним в прошлое и возвращают всё на свои места. Однако, кое-что всё же успевает произойти: Золотое оружие и Мегаоружие уничтожены. Взрывом их забрасывает в далёкий космос. По велению четырёхрукого Лорда Гармадона из глубин поднимается таинственный Тёмный остров. Близится час решающей битвы, но Ллойд никак не может справиться с волнением и не хочет сражаться с собственным отцом. Ядовитый клык Великого Поглотителя — всё, что осталось от древнего чудовища — возвращает к жизни непобедимую Каменную армию. Единственный способ для Ниндзя победить каменных солдат — использовать силы стихий, которые можно получить в Храме света. Здесь Ниндзя становятся обладателями клинков стихий, а Ллойд получает силу Первого Мастера Кружицу. Тем временем на Тёмном острове Лорд Гармадон строит из тёмной материи совершенное оружие — Гарматрон. Но Оверлорд уже готов претворить в жизнь свой коварный план: он вселился в Гармадона и встал во главе его армии. В решающей битве он будет противником Ллойда. Когда кажется, что уже все потеряно, Ллойд находит в себе новые силы и превращается в Золотого Ниндзя. Он уничтожает Оверлорда и восстанавливает равновесие между добром и злом. Постепенно зло полностью исчезает из души Гармадона. С этого момента он становится добрым мастером Гармадоном. Но куда же делся Оверлорд?

Поражение, которое в Решающей битве нанёс Оверлорду Золотой Ниндзя, вернуло в Ниндзяго мир и положило начало эре технического процветания острова. Город Ниндзяго Сити был отстроен заново и превратился в город будущего, объединив все стороны жизни в единое целое. Добро пожаловать в город Нью-Ниндзяго Сити. Ниндзя обнаружили, что их героические подвиги стали никому не нужны. Тогда они начали преподавать искусство Ниндзя в Академии Ву. Но мирная жизнь зачастую всего лишь иллюзия. Во время одной из экскурсий в удивительную Башню Сайруса Борга, устроенной Ниндзя для своих учеников, они обнаружили, что Оверлорду удалось выжить в цифровой форме и спрятаться в виртуальной вселенной Сайруса Борга — Дидживерсе. Его план заключался в том, чтобы сбежать из Дидживерса при помощи Золотой силы Ллойда и захватить мир, став «Золотым мастером» из древнего пророчества. Цифровой Оверлорд, подчинивший себе армию ниндроидов и превративший самого Борга в ниндроида, стал для города ещё большей угрозой, чем когда-либо. Увидев, что происходит, Ву позволил захватить себя в плен, чтобы Ниндзя могли улизнуть с техно-клинками — единственным оружием, которое способно перезагрузить систему, уничтожив тем самым Цифрового Оверлорда. Именно в это время Зейн повстречал П. И.В. В.Ж, андроида-ассистента Сайруса Борга, которая становится его другом и союзником. Команде Ниндзя удалось разрушить Грозовую фабрику, питавшую ниндроидов энергией, но Цифровой Оверлорд объединяется с Пайтором Пи. Чамсвортом. Использовав электрокобрай, похищенных из аквариума, Пайтор возвращает ниндроидов к жизни. Враги захватывают Ллойда и перекачивают часть его золотой энергии, чтобы осуществить коварные планы Цифрового Оверлорда. В попытке спасти Ллойда и Ву и положить конец владычеству Оверлорда, герои отправляются в Дидживерс. Им удаётся перезагрузить систему при помощи техно-клинков, но, к сожалению, они опоздали. Оверлорд уже успел сбежать в реальный мир. Чтобы помешать Оверлорду стать Золотым мастером, Ллойд даже отказался от своей Золотой силы. Ниндзя бесстрашно отправились в космос, чтобы не позволить ниндроидам заполучить Мегаоружие, в которое превратились осколки Золотого оружия. Но добиться успеха им не удалось. Вернувшись, они обнаружили, что Оверлорд стал Золотым мастером и ведёт свои войска к городу Нью-Ниндзяго Сити. Когда все попытки Ниндзя остановить его провалились, Зейн пожертвовал собой, чтобы раз и навсегда уничтожить злодея.

Когда Зейн пожертвовал собой, чтобы остановить Золотого мастера, сила Золотого оружия раскрыла новые способности Титанового Ниндзя. Высвободившаяся колоссальная энергия разрушила его тело и забросила Зейна в Дидживерс. Только П. И.В. В.Ж. чувствовала эфемерное присутствие Зейна, или так ей казалось. Гибель Зейна в битве против Золотого мастера стала для Ниндзя огромной потерей. Команда распалась. Когда Ллойд пытается вновь объединить Ниндзя, они получают загадочное приглашение на «Турнир стихий» на острове мастера Чена. Все Ниндзя заинтригованы такой таинственностью, но окончательно команда объединяется, когда получает намёк на то, что Зейн по-прежнему может быть жив. Они отправляются на далёкий остров мастера Чена и обнаруживают, что они не единственные потомки первых мастеров стихий. Под руководством Гармадона Ниндзя сражаются с другими мастерами, чтобы завоевать победу, но вскоре обнаруживают, что турнир является всего лишь прикрытием хитроумного заговора. Мастер Чен похищает силу стихий каждого поверженного бойца и надеется использовать его, чтобы превратить своих приспешников, поклоняющихся Анакондрай, в армию безжалостных змеиных воинов. Надвигается новая война против Змеиных кланов. Ниндзя, оказавшиеся в ситуации, где невозможно понять, кто друг, а кто враг, должны найти союзников среди других мастеров стихий, чтобы положить конец коварным планам Чена и освободить Зейна и П. И.В. В.Ж., которые томятся в плену на острове. Несмотря на все их усилия, Чену удаётся превратить себя и своих подручных в Анакондрай. Гармадон сходится в Коридоре старейшин в смертельном бою со своим учителем, мастером Ченом. Отец Ллойда слишком хорошо запомнил последний урок, который преподал ему Чен: побеждать любой ценой. Поэтому он вызывает из заточения в Проклятом мире генералов Анакондрай древности, но тем самым отправляет в изгнание себя. Настоящие Серпентины, которым хватает одного взгляда, чтобы понять, что Чен и его приспешники просто притворяются Змеиным кланом, забирают наглецов с собой в Проклятый мир. Победа досталась Ниндзя слишком дорогой ценой. Они скорбят по Гармадону, который пожертвовал собой. Но Ниндзя ещё не знают, что тёмный дух через портал проник в мир Ниндзяго.

В тело Ллойда, оплакивающего гибель своего отца, вселяется призрак Морро — мастера Ветра и одного из первых учеников Ву. Ниндзя, которые боятся навредить Ллойду, оказываются бессильны перед Морро, когда тот похищает посох Ву. На посох нанесены три тайных знака, указывающих путь к гробнице Первого Мастера Кружитцу. Ву узнает, что, отыскав гробницу, Морро получит Кристалл Миров — реликвию, обладающую могущественной способностью разрывать ткань между мирами, — и впустит в мир Ниндзяго повелительницу Проклятого мира — Высочайшую. Оставшиеся Ниндзя, следуя тайным знакам, находят путь в Проклятый храм Янга и осваивают древнее искусство воздушного боя, Аэроджитцу. И тут случается несчастье. Все Ниндзя должны были покинуть храм до восхода солнца, но Коул замешкался и был превращён в призрака. Ниндзя отправляются на гору Стенаний, чтобы найти в Облачном королевстве Меч Святилища. Однако в решающий момент Ронин похищает меч. В это время Ния узнаёт, что её мать была мастером Воды и начинает тренироваться, чтобы раскрыть свой истинный потенциал. В конце концов, Ниндзя добираются до гробницы Первого Мастера Кружитцу, освобождают Ллойда и восстанавливают команду. Однако Морро удаётся сбежать с Кристаллом Миров, поэтому всё, что Ниндзя могут сделать в этой ситуации, — готовиться к приходу Высочайшей. В городе Стикс Морро затягивает Ллойда в Проклятое королевство, где тот встречается со своим отцом. Гармадон объясняет сыну, что Высочайшая и есть Проклятое королевство, поэтому её необходимо уничтожить, чтобы спасти мир Ниндзяго. С тяжелым сердцем Ллойд преследует Морро по многим мирам и, в конце концов, обманом вынуждает призрака уничтожить самого себя. Ние удаётся раскрыть свой истинный потенциал, и Ниндзя сходятся в решающей битве с Высочайшей. Используя обретенную силу воды, Ния создаёт мощную приливную волну, которая уносит Высочайшую в море, где она тонет. Мастер Ву при помощи Кристалла Миров возвращает Ллойда обратно в мир Ниндзяго, и все Ниндзя празднуют победу.

Остановив вторжение призраков Морро, Ниндзя приобрели большую популярность. Но тёмные силы снова угрожают острову Ниндзяго. Призрак Клаус, в прошлом правая рука Мастера Чена, вновь отыскал чайник Тайрана. Он позволил Надакхану, злому джинну и капитану пользующейся дурной славой «Цитадели несчастий», высвободиться из чайника. Собрав свою команду пиратов, Надакхан вернулся в свой родной мир Джинзяго и обнаружил его в разрушенном состоянии. Увидев эти разрушения, вызванные битвой Ниндзя с Высочайшей, Надакхан поклялся отомстить. Он модернизировал свой корабль, чтобы он мог летать, и начал готовиться к атаке. Теперь они Небесные пираты. Он планирует воссоздать Джинзяго на небесах с помощью частей острова Ниндзяго. На его пути встали Ниндзя, но каждого из них джинн испытал желаниями. Они поняли, что их желания обратились против них самих. Один за одним они попали в заточение в Джинн-клинок, а их энергия стала питать Надакхана, делая его сильнее. Надакхан видит Нию, которая выглядит в точности как его давно потерянная любовь Делара. Если у него получится жениться на Нии, это вернёт дух Делары к жизни и дарует джинну бесконечное количество желаний. Пока Надкахан планирует свадьбу, оставшиеся Ниндзя ищут яд Тигровой вдовы — единственное, что может замедлить всесильного джинна. Но, чтобы заполучить яд, они должны сразиться с песчаными червями и Небесными пиратами. А до тех пор, пока Джей не освободит своих друзей из Джинн-клинка, они не смогут помешать нежеланной свадьбе. Затем Небесные пираты, каждый из которых стал жертвой чар Надакхана, взбунтовались и использовали яд Тигровой вдовы. Надакхан был побеждён, а чары пали. Но в ходе сражения Ния прикоснулась к яду и смертельно отравилась. Убитый горем, Джей загадывает своё последнее желание. Он пожелал, чтобы Чайник Тайрана никогда не был найден. Мир возвращается в то состояние, в котором он был в начале истории, а Надакхан вновь оказался заточён в чайнике на дне морском. Только Джей и Ния, уже ставшие парой, помнят о том, что случилось.

Сэнсэй Ву внезапно решает посетить старый монастырь, который когда-то был сожжен серпентинами. При этом, он никому не объясняет причины такого поступка, а только говорит, что ему надо решить одну старую проблему. В итоге оказывается, что сорок лет назад существовали так называемые «Руки Времени» — два брата, Экроникс и Кракс (близнецы), стихия которых — время. Близнецы активно участвовали в Войне Серпентинов, и были на стороне Ву, Гармадона и Мастеров Стихий. Однако, в войне они участвовали из-за того, что хотели после нее получить власть. не получив желаемого, Экроникс и Кракс решили действовать против своих старых друзей. Экроникс, способный ускорять и замедлять время, а также Кракс, способный отматывать время назад, а то и вовсе ставить на паузу, искуссно вели бой. Поняв, что в драке их не победить, Ву попросил Рэйа и Майу выковать клинки времени из хроностила. В конце концов, Гармадон и Ву делают так, что силы Экроникса и Кракса оказываются в клинках времени. Открыв с их помощью вихрь времени, сами клинки туда же и попадают. Но Экроникс и Кракс не стали сдаваться, а прыгнули в вихрь за ними. После закрытия портала, портал открывается в лесу, откуда из него выходят клинок обратного хода и Кракс. Кракс не заметил клинок и ушел, когда сам клинок нашли Рэй и Майя. Кракс не сдается, и в течение долгих лет придумывает план. Экроникс же возвращается через сорок лет как раз в монастырь, где его ждал Ву, так как видел этот момент в вихре времени в прошлом. После битвы, из портала выходит клинок ускорения времени. Заметив, что со временем явные проблемы, Ниндзя, которые в это время помогали убирать музей, отправляются прямо в монастырь. Тем временем, в битве между Экрониксом и Ву, Ву проигрывает из-за своей невнимательности, а потому висит над пропастью, держась за ветку. Также оказывается, что Экроникс нанес ему временной удар, из-за чего Ву стал понемногу умирать. К тому моменту прибывают Ниндзя на своем корабле. Выиграв бой и с ними, Экроникс спокойно уходит. Ниндзя находят Ву и помогают ему выбраться. Сам же Экроникс приходит в музей, где его ждет Сандерс, куратор музея истории Ниндзяго Сити, но на самом деле он и есть Кракс. За сорок лет Кракс сумел вырастить армию вермиллионов. Теперь цель братьев — дождаться возвращения оставшихся клинков, построить машину времени и в конце концов получить полный контроль над временем.

События происходят через год после того, как Ву и Близнецов Времени затянуло во временную воронку. Таинственные люди в масках крадут Маску Отмщения из Борг Индастриз. Ллойд пытается забрать у них маску. Один из воров был пойман и передан полиции. Остальным удается скрыться вместе с маской. У одного из них на парашюте Ллойд разглядел изображение своего отца Гармадона. Это - символика банды „Сыны Гармадона“. Ниндзя узнают, что Сыны Гармадона охотятся за тремя масками Они. Ниндзя получают задание охранять императора Ниндзяго во время его публичного выступления. Там Ллойд влюбляется в нефритовую принцессу Харуми которую император и императрица когдато удочерили. Императорская семья пригласила ниндзя во дворец, чтобы отблагодарить. Ниндзя охраняют дворец поскольку там хранится вторая маска Они. Тем временем Сыны Гармадона просят Ультрафиолет поучаствовать в нападении на дворец. В результате была украдена Маска Лжи и дворец подрывается вместе с императорской семьёй, но Харуми спасается с Ллойдом. Они с ниндзя улетают на летучем корабле. Ниндзя узнают, что если объединить все три маски, то Сыны Гармадона смогут оживить Гармадона. Зейн и Коул пытаются внедриться в банду. Коула разоблачают и ловят, а Зейн смог втереться к ним в доверие. Коул освобождается и крадёт у Сынов Гармадона Малыша, которым оказался Ву. Зейна во время гонки с байкерами разоблачает Молчаливый - предводитель банды. Мистер Э побеждает Зейна и ставит ловушку. Выясняется, что Самурай Х - П.И.В.В.Ж. Ниндзя терпят крушение в Первозданном Оке - месте, где находится последняя маска. Ллойд и Харуми оказываются отделёнными от остальных ниндзя. Они добираются до храма Они, где находится Маска Ненависти. Ниндзя, в том числе и Ллойд, узнают, что Харуми - Молчаливый. Харуми забирает Маску Ненависти, и вся её банда захватывает летучий корабль и улетает в Ниндзяго-сити с Ллойдом на борту. Потом Харуми разбивает сердце Ллойду, говоря, что никогда не любила его. Ллойд воссоедениятся с Мисако, которую захватили Сыны Гармадона, когда она отследила Ву. Харуми начинает церемонию призыва Гармадона из царства мертвых. Для этого ей понадобились волосы Мисако, Ллойда и заранее приготовленные волосы Ву. Но ниндзя прерывают церемонию, и все члены банды „Сыны Гармадона“ попадают в тюрьму. Но оказалось, что Гармадон всё же ожил. Он освобождает Харуми и её банду. Ллойд предательски запирает друзей и в одиночку отправляется в бой с отцом. Гармадон являющийся частью Они и дракона высасывает жизненную силу Ллойда и раскрывает свой истинный тёмный потенциал. Ллойд теряет сознание. Благодаря силам стихий друзей он вновь оживает, но уже без своей силы стихий. Тем временем Гармадон создаёт каменного великана и захватывает Ниндзяго-сити. Его каменный великан уничтожает корабль ниндзя с Каем, Джеем, Зейном, Коулом и Малышом Ву на нём, но экипаж корабля использует Чай Странника. Он переносит их в мир Они и Драконов. Ллойд думает, что его друзья погибли. Теперь задача ниндзя, застрявших в мире Они и Драконов, вернуться назад и свергнуть Лорда Гармадона!

В то время как Ллойд и Ния сопротивляются гнетущему владению Императора Гармадона Ниндзяго Сити, юный Ву и остальные Ниндзя застряли в варварском мире, где свирепые Драконы преследуются Железным бароном и его бандой Охотников на Драконов. Ллойд должен выстоять в Ниндзяго Сити, остальные должны найти легендарную Броню Дракона, если они когда-нибудь надеются вернуться домой, чтобы остановить Императора Гармадона раз и навсегда.

Приносящие гибель, тьму и разрушения обрушиваются на Ниндзяго, и всякая надежда кажется потерянной. Ниндзя должны бороться с вторжением Они — но как они могут победить эту разрушительную силу и защитить наследие Ниндзяго? Осталось не так много времени — это конец Ниндзяго, или добро победит силы зла?

Купаясь в славе своей недавней победы, Ниндзя отправляются в новое приключение, чтобы исследовать таинственную пирамиду — просто для небольшого отдыха и восстановления, конечно. Но разве успех успокоил наших героев ложным чувством безопасности? Когда Ниндзя случайно выпустили древнюю угрозу, ничто не могло подготовить их к грядущему хаосу.

Внезапно старая, легендарная видеоигра, «Высшая империя», возвращается. Игроки, которые играют в игру, исчезают загадочным образом. Ниндзя должны решить эту загадку. Они попадают в опасный цифровой мир, управляемый таинственным злодеем Унагами.

Ниндзя отправляются в легендарное королевство Шинтаро — чарующее и сверкающее место... но вскоре они узнают, что у него есть темная изнанка: подземелья Шинтаро. Мир, который находится под гнетом беспощадного Хранителя черепа…

Экспедиция под руководством Мисако, Мастера Ву и Клатча Пауэрса пропала. Так много стоит на кону, что Ниндзя отправляются на спасательную миссию на таинственный и неизведанный остров, полный сюрпризов.

Когда Сила Стихий Воды Нии таинственным образом прерывается, ниндзя отправляются в путешествие в самую глубокую часть Бескрайнего моря. Но найдут ли они то, что ищут?

Ниндзя возвращаются в новом сезоне с совершенно новыми приключениями! На этот раз они оказались заперты в Тюрьме Криптариум, где их окружают старые враги.