За несколько лет до начала основного действия аниме глава деревни Коноха, Четвёртый Хокагэ, ценой собственной жизни заключает гигантского Девятихвостого Лиса в теле новорождённого мальчика, главного героя. Сирота Наруто Удзумаки после окончания Академии ниндзя попадает в команду № 7 опытного ниндзя Какаси Хатакэ вместе с Сакурой Харуно (которая ему нравится) и лучшим учеником выпуска Саскэ Утихой (поставившего перед собой цель убить старшего брата Итати, когда-то уничтожившего почти весь клан Утиха). В первой же серьёзной миссии они сталкиваются с опасным противником — преступником Дзабудзой Момоти. После удачного окончания миссии Какаси выдвигает троих подопечных на участие в экзамене на звание тюнина, более высокой ступени в иерархии ниндзя.

Наруто знакомится с Дзирайей, одним из Легендарных Саннинов, и просит его стать своим учителем. Начинаются битвы финальной части экзамена. Во время поединка между Саскэ и Гаарой на Коноху внезапно нападают ниндзя селений Песка и Звука, а на Третьего Хокагэ — Оротимару.

Саскэ, осознающий, насколько велика разница в способностях между ним и братом, которого стремится убить, отправляется к Оротимару, чтобы стать его учеником и познать новую силу. В погоню за ним отправляется команда из Конохи.

Многочисленные филлерные сюжеты.