Черепашки-ниндзя вступают в конфликт с кланом Фут. После разрушения их логова, они находят новый дом и союзников в лице Эйприл О'Нил и Кейси Джонса. Черепашки срывают планы Шреддера, Хана и Стокмана. Шреддер предлагает мир в обмен на службу против неизвестного зла. Сплинтер раскрывает причастность Шреддера к убийству его учителя, что приводит к схватке. Шреддер выживает, ранит Леонардо и разрушает дом Эйприл. Черепашки, Сплинтер, Кейси и Эйприл выживают и уезжают на ферму. Вернувшись в Нью-Йорк, они побеждают Шреддера, но Сплинтер исчезает. Следуя за "Стражами", Черепашки обнаруживают инопланетную расу Утромов, которые похищают Сплинтера и телепортируют Черепашек в космос.

Черепашки-ниндзя оказываются телепортированными на инопланетный мир Д'Хунибб, где сразу же оказываются втянутыми в войну между Республикой Трицератонов и Галактической Федерацией. Черепашки попадают на родную планету Трицератонов, и после спасения Ханикатта их телепортируют обратно на Землю Утромы. Инопланетяне оказываются доброжелательными и воссоединяют Черепашек со Сплинтером. После поражения Шреддера разгорается война между бандами за контроль над его утраченной территорией, в которой участвуют остатки клана Фут, Хан и Пурпурные Драконы, а также нью-йоркская мафия при поддержке Бакстера Стокмана. Выясняется, что Шреддер снова выжил, и верность Карай своему отцу, вступающая в конфликт с её честью, становится для неё критической дилеммой.