Kiyotaka Ayanokouji vừa nhập học vào Trường Trung học Giáo dục Nâng cao Thủ đô Tokyo, một ngôi trường danh tiếng do chính phủ thành lập với lời hứa đảm bảo việc làm và đỗ đại học 100% cho học sinh tốt nghiệp. Tuy nhiên, cậu lại bị xếp vào Lớp 1-D—nơi tập trung những học sinh "khuyết tật" bị coi là cá biệt và kém cỏi nhất trường. Tại đây, hệ thống điểm số tàn khốc bắt đầu lộ diện, nơi mọi thứ từ sinh hoạt phí đến tương lai đều bị định đoạt bằng thực lực. Để sinh tồn và giúp lớp thăng hạng, Ayanokouji bắt đầu âm thầm giật dây từ trong bóng tối, đối đầu với những bài kiểm tra đặc biệt đầy khắc nghiệt của nhà trường.

Cuộc sống trở lại trên tàu du lịch sau Bài kiểm tra Đặc biệt trên Đảo hoang hoàn toàn không phải là một chuyến hải trình êm ả. Ngay sau khi trở về, các học sinh năm nhất của Trường Trung học Giáo dục Nâng cao Thủ đô Tokyo phải đối mặt với một bài kiểm tra đặc biệt khác, nơi cả điểm số của lớp lẫn cá nhân đều được đặt lên bàn cân. Bên cạnh bộ quy tắc phức tạp, nhiều rắc rối mới lại phát sinh từ phía Kakeru Ryuuen và Kei Karuizawa. Tức giận trước kết quả của bài kiểm tra trước, Ryuuen quyết tâm vượt mặt mọi lớp trong thử thách mới này bằng bất cứ thủ đoạn nào. Trong khi đó, Karuizawa—một trụ cột quan trọng của Lớp D—lại đang cận kề bờ vực sụp đổ dưới áp lực từ quá khứ đen tối của mình. Sân khấu giờ đây đã được dọn sẵn để Kiyotaka Ayanokouji một lần nữa—bằng tất cả sự tính toán, tầm nhìn xa và sự thao túng tàn nhẫn của mình—dẫn dắt Lớp D đến chiến thắng giữa lúc các thế lực thù địch nguy hiểm đang tìm cách hạ bệ họ.

Khi Ayanokouji và các bạn cùng lớp bắt đầu năm học thứ hai tại Trường Trung học Giáo dục Nâng cao, họ được chào đón bằng một chuỗi bài kiểm tra mới toanh cùng một thế hệ học sinh năm nhất mới vô cùng dị biệt. Họ sẽ phải nhanh chóng tìm hiểu nhau, bởi bài kiểm tra đặc biệt đầu tiên đòi hỏi học sinh năm nhất phải ghép cặp với học sinh năm hai trong một bài thi viết—và điều kinh khủng là chỉ có học sinh năm hai mới phải đối mặt với nguy cơ bị đuổi học nếu đội của họ có thành tích kém! Tồi tệ hơn thế? Dường như một trong số những học sinh năm nhất mới chuyển đến cũng là người đến từ Phòng Trắng. Liệu Ayanokouji có thể vừa tránh khỏi việc bị trục xuất, vừa vạch trần được danh tính của kẻ thù ẩn mình này hay không?