《全职法师特别篇之神秘委托》改编自小说《全职法师》的相关内容，是同名动画的红兽篇。本季讲述了男主角法师莫凡和伙伴灵灵，因为神秘的猎王邀约而卷入了一桩陈年悬案。经过一系列的探险和追查，才发现这一切都是红兽所策划的阴谋。红兽通过寄生在一秋和陆昆等魔头体内，正一步步地成长，一步一步地逼近其终极目标。经过惊心动魄的生死大战，莫凡在灵灵、望月千熏等朋友的协助下消灭了红兽，却发现那只是它的分身之一，而自己也早已成为了红兽阴谋的一部分……

一觉醒来，世界大变。熟悉的高中传授的是魔法，告诉大家要成为一名出色的魔法师。居住的都市之外游荡着袭击人类的魔物妖兽，虎视眈眈……崇尚科学的世界变成了崇尚魔法，偏偏有着一样以学渣看待自己的老师，一样目光异样的同学，一样在社会底层挣扎的爸爸，一样纯美却不能走路的非血缘妹妹……不过，莫凡发现绝大多数人都只能够主修一系魔法，自己却是全系全能法师！

一觉醒来，世界大变。熟悉的高中传授的是魔法，告诉大家要成为一名出色的魔法师。居住的都市之外游荡着袭击人类的魔物妖兽，虎视眈眈……崇尚科学的世界变成了崇尚魔法，偏偏有着一样以学渣看待自己的老师，一样目光异样的同学，一样在社会底层挣扎的爸爸，一样纯美却不能走路的非血缘妹妹……不过，莫凡发现绝大多数人都只能够主修一系魔法，自己却是全系全能法师！

莫凡迁至魔都，卷入“秘密事件”的调查中。过程中，莫凡帮助唐月脱困，意外获得玫炎火种，再度觉醒双系，目标直指明珠学府。大学生活开始，召唤系迎来“斗兽大赛”的挑战。

黑教廷欲计划利用明珠主校区考核夺取莫凡身上的地圣泉。宇昂放出暗影妖兽的假消息设计莫凡，不料许昭霆却先落入埋伏。莫凡救下张璐璐，许昭霆却被与宇昂变成了黑畜妖，被迫向张璐璐动手。人性未泯的许昭霆提供了黑教廷蓝衣执事的线索。莫凡悲痛不已，决定先发制人。 莫凡将一滴地圣泉放在暗影妖兽体内，借此引蛇出洞，果不其然发现内鬼傅天明。众人不明真相，反而围攻莫凡。莫凡不慎掉入宇昂的陷阱，面对诅咒畜妖的攻击，却接到唐月命令要拖住宇昂的行动。原来蓝衣执事正在冒险逗留等待宇昂。再争取一些时间，审判员夜鹰就可实施抓捕。 拉锯战后，魔法阵消失，宇昂下令围绞莫凡。莫凡忍无可忍，释放玫炎气焰取得了胜利。宇昂见势逃离现场，身受重伤的莫凡却遭到了众人的污蔑。好在夜鹰及时出现真相大白。考核风波结束后，莫凡、赵满延等人被定为交换生，将去往燕都学府。两校展开切磋，莫凡展示出超强实力战胜穆宁雪，为明珠学府赢得胜利。依照约定，莫凡得到凝魔神器。 荒城历练开始，众人误入了洞穴魔奴的巢穴，展开激战，成功逃脱。抵达荒城，又因误入藤蔓捕食陷阱，牵扯出对莫凡的积怨。莫凡离队独行，在泥鳅坠的指引下，收获了更多精魄。大部队遭遇了绿皮大蜥，莫凡加入帮助大部队摆脱了绿皮大蜥的纠缠。众人休憩时遭到了水蜘蛛的叮咬，队伍乱成一团。莫凡和穆宁雪合力对抗蛊惑魔蛛，经过一场恶战终于消灭了魔蛛。 众人伤亡惨重，折返路上遇到陆年，结果陆年却下了杀令，双方大打出手。莫凡一路诱敌深入，利用蜥颅巨妖威胁追敌。蜥颅巨妖的攻击猛烈，莫凡命悬一线。在疾星狼的守护下，莫凡冲破枷锁升华了星子，使出烈拳九宫脱身。陆年俘虏了众人胁迫莫凡，斩空及时赶到与陆年开战。 形式所逼，莫凡接受血利子,成功觉醒恶魔系。友情大义当前，他控制住恶魔系，救下众人。莫凡战退妖兽，现身惩治陆年。恶战结束，莫凡急需从恶魔异变之中恢复，但就连斩空也无能为力。恶魔莫凡擅自离开，生死未卜。

莫凡在觉醒恶魔化之后克服了恶魔系反噬，下决心帮助唐月解决宋城玄蛇危机，展现出了更强的自我控制力。在莫凡、唐月、灵灵、张小侯等人的共同努力下，主角团与善良的灵兽团结一心，并肩作战，最后成功守护了家园，展现出人与兽类超越物种的深厚友情。

回归学校的男主角莫凡，凭一己之力挑战火院再次一战成名。开启全新篇章，莫凡意外获得“炎姬”的信息。为了寻找炎姬，莫凡和心夏、赵满延、张小侯等组成冒险小队，开启灼原北角冒险之旅。在寻找火劫果实途中，小队面临象沙妖兵、岩浆灾难等挑战，一系列的大战即将高燃爆发。成长前行，主角团实力得以增长，伙伴间的感情也更进一步……

在火焰魔女事件之后，莫凡再次投入到魔都学府的修炼中，但就在最关键的时刻，突然传来了好兄弟张小候失踪的消息。重感情的莫凡立即停止赛程，带着魔都血族好友柳茹共同赶赴古都，闯入了正处于妖魔活跃期的中心地带。